在大學時代曾被譽為百年難得一見的數學天才石神，如今只是一名單身、不起眼的高中數學教師，每天唯一的樂趣就是去固定的便當店買午餐，只為了看一眼隔壁鄰居，在便當店擔任店員的靖子的身影。靖子帶著獨生女美里逃離粗暴的前夫，兩人相依為命地生活在大都市的一角。某天靖子前夫找上門來，兩人爭執不下之際，靖子失手殺死了對方。

此時，石神出現在茫然失措的母女面前，提出由他來收拾善後的建議。

這世上不可能存在完美無缺的完全犯罪，然而以草薙為首的調查陣營始終找不到突破的可能性，只好向任教於帝都大學的湯川學求救。而身為石神大學時代舊友的湯川，又該如何接下這來自老同學的挑戰書？