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從上海後退的中國軍隊，在失去重武器裝備及部隊建制連繫之下，日本空軍一路猛烈炸射，日軍又尾隨追擊，部份華軍雖然是退到吳福國防線，但是根本沒有防線接應的守軍，又沒有後勤裝備支援，甚至沒有防線的配置地圖，因此無法進入防線陣地佈防，就遭到尾隨的日軍攻擊，只有再度地潰散後退。十一月十七日吳福防線就被日軍突破，接著錫澄防線也幾乎是遭到同樣的狀況，在十一月二十六日被日軍攻佔，這兩條耗資幾百萬元的中國「興登堡」防線，就在混亂中，完全失去了阻擋日軍攻擊的能力。日軍既已順利突破這兩條防線，在進攻南京的道路上，就不再有主要的防線需要面對了。而當時在理論上來說，日本大本營還沒有同意華中方面軍進攻南京呢。

而蔣介石在下令軍隊退出上海的同一天，他在南京會見了四川省主席劉湘，商議將首都遷往重慶的事宜，接著在十一月十六日，南京國民政府正式的宣佈，將重慶定為陪都，準備將中央政府遷到重慶，做為中國繼續抗戰的政治中心。所有在南京的中央和*圖*書政府機關，從二十日開始進行全面的撤退工作，軍委會則先遷到武漢辦公，中國在面對日軍的威脅，是決心放棄南京，但是卻決心要在中國的每一寸領土上，繼續地作戰下去。

蔣介石沒有果斷做出立刻撤退的決定，反而要求在上海作戰的中國軍隊，設法繼續堅守幾天，是由於九國公約會議已於十一月三日在布魯塞爾正式召開，中國期望會議的結論，能讓國際強權介入仲裁日本與中國的戰爭。但是各國在會議中先進行各種外交折衝，要到十日才發表結論。為了等待九國公約會議在十一月十日的結論，華軍繼續苦撐到了十一月八日，此時後方退卻路線已經面臨將被日軍截斷的危機，蔣介石才下令華軍撤退。但是這三天的延誤，造成中國上海的守軍，幾乎要遭到日軍全而包抄的鉗形攻勢圍殲，而有全軍覆沒的可能，幸好中國軍隊發揮絕地求生的本領，在千鈞一髮中，以化整為零的方式，倉皇地撤出了部分的部隊，右翼軍沿滬杭線撤向蘇嘉線，然後再轉吳興與杭州地區整編；而中央與左翼和-圖-書集團軍，則沿京滬線，先退向蘇州與無錫。華軍主力雖然幸而沒有被日軍圍殲，但是已經是九死一生，大部分重要的軍事裝備，幾乎都損失殆盡了，軍心與士氣更是全面地潰散。

但是淞滬會戰的變化，完全改變了這個準備多年的作戰計劃。因為蔣介石將所有的作戰力量全都投入了上海，以求重挫日軍的氣焰，提高中國的民心士氣以及增加國際社會對於中國的支持與同情，所以造成蔣介石根本沒有時間與力量，去顧到原有的南京保衛戰計劃。等到淞滬會戰中國部隊以近乎潰敗的方式結束，所有參戰部隊幾乎只有逃命的選擇，大部分的軍隊都失去了作戰的能力，蔣介石才開始考慮南京保衛戰的問題。

這點結論蔣介石大體接受，只是蔣介石認為南京的防衛，有著重大的心理與政治意義，假如南京不戰而退地拱手讓敵，會被誤解為中央已經無心抗戰，百姓會對於整個抗戰更加失去信心，同時也很難要求各地山頭的部隊堅守陣地。所以蔣介石決定在南京進行一場不可能、卻是必須要的保衛戰。但要知和_圖_書道當時的蔣介石，只是各路諸侯的領袖而已，並不是可以直接發號施令的指揮官，蔣介石需要表現自己是不惜代價用自己嫡系的部隊，進行抗戰，才能得到各路諸侯衷心與全力地支持。特別是中國在與日軍作戰，在戰場上，必然是屢戰屢敗，只有全國上下都相信蔣介石是真心地抗戰，中國才能進行以空間換取時間的戰略，因此南京不能不守就拱手資敵，而且要付出一些代價，才能讓大家心服口服地支持繼續抗戰。

也就在十一月十六日，蔣介石才正式與部屬討論南京防衛戰的問题。事實上，當時多數的將領，在淞滬會戰潰退之後，對於南京的防守，就已經失去信心與把握了。當時軍委會副總參謀長白崇禧，就公開的反對守衛南京，白崇禧的主要論點是，在淞滬會戰之後，第三戰區所有的華軍，幾乎已經失去戰力，因此根本無法在南京進行有效的防守，與其在南京進行無效與不可能的作戰，不如公開宣佈南京不設防，或是對於南京只進行象徵性的防衛，以減少南京受到炮火的破壞，也避免需要整編的華軍遭到進ｗｗｗ•hetuｂook.ｃｏｍ•cｏｍ一步的攻擊。當時的德國軍事顧問福爾肯豪森，以及多數將領，包括陳誠、李宗仁等人，也都認為，中國在上海作戰新敗之餘，華軍實在已無防衛南京的兵力，假如國民政府認為不能完全將南京拱手讓給日軍，最多只能做有限性的抵抗，進行所謂「短期固守」的作戰。

在中國方面，淞滬會戰的規模與進展，根本超出了軍委會的掌控，蔣介石幾乎是動用所有可以開到前線的作戰力量，投入淞滬會戰，雖然在戰場上，中國軍隊憑藉熱血與犧牲，創造出奇蹟般的持久作戰成果，但是由於過度地投入這場大戰，而不可能有多餘的力量，做好縱深防禦的準備。十一月五日，日軍在杭州灣登陸成功，華軍已無法阻擋更多的敵軍增援部隊，日軍登陸之後以秋風掃落葉的速度，快速地合圍在上海作戰的中國部隊。

當日軍在進行是否要進攻南京的戰略爭論之時，蔣介石這才開始考慮南京保衛戰的規劃與準備。雖然蔣介石接受德國軍事顧問的建議，曾在一九三五年之前，在南京與上海之間，秘密的設立了兩條防線，其一是吳福線www.hetubook.com.com，其二是錫澄線，以做為日軍從上海進攻南京的國防屛障。德國軍事顧問認為上海與南京之間，是江南特殊的湖澤河叉地形，日軍的現代化機械與重裝備，難以在此一地區發揮運動的優勢，因此中國部隊可以在這個地區，以堅強的防禦工事，有效地防禦日軍的攻勢，而讓日軍付出高昂的作戰代價。

當然蔣介石的南京保衛戰，也考慮著時間的因素，因為德國大使已經傳來日本和談的條件，內容還算合理，因此蔣介石認為，假如能夠先守著南京，中日之間的交涉會比較容易進行。另外他也等待著蘇聯是否對日參戰的答覆，因為在八一三淞滬會戰開打之後，蘇聯知道這將是中日之間的大決戰，因此立刻同意在八月二十一日，迅速簽定了中蘇互不侵犯條約，蘇聯正式開始以三億五千萬元貸款來軍援中國，並且組織「正義之劍」援華空軍自願軍，以及派遣軍事顧問團來華。在中蘇簽約之時，史達林也在口頭上允諾蔣介石，蘇聯準備在三到六個月內，對日宣戰。蔣介石希望能夠防守南京，苦撐到蘇聯參戰，那麼中國就可以移轉壓力，從容反擊了。