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一九四〇年，日本為了儘早結束侵華戰爭，用盡一切手段，徹底謀求重慶政府的屈服，使蔣汪合作。十一月三十日，日本與汪精衛簽署《基本關係條約》及附屬決定書，正式承認汪偽政權，以此對國民政府施加壓力。

第一次反共高潮被打退之後，蔣介石把反共的中心由華北移到華中。國民黨對新四軍經濟上的限制更為嚴重了，這種限制的實質是在國共合作的條件下「攘外必先安內」的特殊表現形式之一，蔣介石希望由此造成國民黨軍隊與共產黨軍隊在軍事經濟實力上的更大差距。一九四〇年，新四軍發展到九萬之眾，但軍費卻以一萬二千三百二十一人的編制發放，經過葉挺等據理力爭，每月軍餉才由八點六萬元增加到十三點二萬元，還不到蔣介石嫡系部隊一個師的軍餉。至於軍糧、軍械和彈藥的剋扣就更加嚴重了。除了剋扣外，當局還在發放方式上想盡辦法，故意整人。每次軍需供給都分幾次發放，使新四軍汽車運輸隊多次往返，有時領到一次供給還不足抵償油耗。

與《防制異黨活動辦法》等反共決議的出臺相一致，以「一個主義、一個政府、一個領袖」為號召的國民精神總動員運動隨即正式拉開序幕。國民精神總動員運動宣揚「國家至上，民族至上」，「軍事第一，勝利第一」，「意志集中，力量集中」，尤其強調糾正「分歧錯雜之思想」，要求「不違反國民革命最高原則之三民主義」、「不能鼓吹超越民族之理想與損害國家絕對性之言論」、「不破壞軍政國令及行政系統之統一」、「不利用抗戰形勢以達成國家民族利益以外之任何企圖。」

在這種氣象下，蔣介石很輕易地接受了軍委會討論的結論：宣布新四軍為「叛軍」，撤銷新四軍番號，將葉挺革職並交付軍法審判。一月十七日晚，國民政府軍事委員會通令和國民政府軍各委員會負責人談話發表，次日刊於報端。

早在一九三九年四月，蔣介石就密示石友三：「華北平原不能讓共產黨八路軍作根據地，遺患未來。石總司令必須與鹿主席（即鹿鍾麟）同心協力，將八路軍包圍或攆到北邊去。這次給你們充分補給，你們趕快加緊準備，中央還要派有力部隊到前方，用鉗形攻勢一舉消滅那裏的八路軍。」在得到了武器補充和冀察戰區副總司令兼察哈爾省主席職務後，石友三在一九三九年十一月下旬，在冀南不斷製造反共摩擦，但幾戰下來，損失萬餘人，石友三的失敗，打亂了蔣介石圍攻冀南的計畫。

蔣介石的講話，儘管仍在責難新四軍「違抗命令危害抗戰」，但事實上也被迫表明不再進行反共軍事摩擦的態度。正當蔣介石等製造同室操戈、豆萁相煎的民族悲劇的時候，日軍集中了五個師團以上的兵力，於一月下旬分數路包圍湯恩伯、何柱國、李仙洲、李品仙的軍隊於平漢路以東，開始發動豫南戰役。日軍的這個軍事行動打亂了蔣介石的反共部署，也給正在醞釀鬥爭策略轉變的中共以重大影響。隨著蔣用於包圍陝甘寧邊區中央軍的部分東調增援，華中地區國民黨軍隊處境困難，毛澤東進一步判斷，國民黨反共軍事進攻已經終結，因而其「剿共計畫已經根本打破了」，「內戰已可避免」，國共兩黨「已開始有了妥協的基礎」。

一九三八年十二月，汪精衛的叛逃使得蔣介石認為這會給國共兩黨的聯合注入一針強心劑，他趁機再次提出了兩黨合併的議題。一九三九年一月二十日，即國民黨五屆五中全會開幕前一天，蔣介石約周恩來面談又提國共兩黨統一之事。他說，汪精衛離去更是兩黨團結的好機會，即使暫時不統一也要有新辦法。

對此，中共中央電賀五中全會，表示願意加強兩黨合作，並密電蔣，指出：兩黨為反對共同的敵人、為實現共同的綱領而進行抗戰建國之合作為一事，所謂兩黨合併，則純為另一事前者為現代中國之必然，後者則為根本原則所不許。共產黨誠意願與國民黨共同為實現民族獨立、民權自由、民生幸福之三民主義新中華民國而奮鬥。但共產黨絕不能放棄馬克思主義的信仰，絕不能將共產黨的組織合併於其他任何政黨。意想不到的是，這一密電立即引起國民黨中央強烈回響。

皖南軍事行動順利得手，是出乎蔣介石意料的。此時，他對何應欽、白崇禧等軍事領導人力主乘機取消新四軍番號的建議，便一掃從前對「剿匪」作戰計畫的猶疑態度，變得明朗起來，而且一個月前，美英兩國剛剛宣布向中國提供大筆援助貸款，因此，對各方反應也頗為自信，估計除蘇聯可能反應強烈外，「此事對内、對外與對敵國皆可以生有效而良好之反響也」。顯然是一番樂觀氣象。

《日蘇停戰協定》在中國引起的回響比《蘇德互不侵犯條約》要強烈得多，因為該協定直接涉及中國，它規定由日、「滿」、蘇、「蒙」「四國」組成委員會，勘定所謂「滿」「蒙」邊界。此舉充分表現出日、蘇以中國主權和領土做交易的國際強權政治，引起「國人議論紛紛」，尤其是中國中間黨派對蘇聯以犧牲中國利益換取與法西斯暫時和解、嫁禍於人的極端民族利己主義行為產生嚴重憎惡。

德國解除了後顧之憂，一個星期後即發動了對波蘭的武裝侵佔。一九三九年九月三日，英法對德宣戰，歐洲戰爭爆發。蘇聯認為這是「帝國主義之間的掠奪戰爭」，宣布對雙方「嚴守中立」。然而，事實上，蘇聯卻向德國源源不斷地輸送軍事物資和穀物，目的是使雙方遭到最大消耗，兩敗俱傷，從中漁利，更加無法解釋的是它趁人之危將其邊界向西推進二三百公里。

蔣介石在皖南對新四軍從背後捅了一刀，但是皖南軍事上的勝利卻遠遠不能彌補事變造成的政治上的失利。中國共產黨堅決貫徹執行「有理、有利、有節」的鬥爭原則，獲hetubook.com.com得了全國人民的同情和支持，博得了國際輿論的聲援。國民黨蔣介石破壞團結，破壞抗戰的行徑遭到了全國上下的一致反對，也促進了對蔣介石抱有幻想人們的覺醒。中間黨派意識到聯合團結的重要性，三月份發起成立了中國民主政團同盟。民主政團同盟成立後，為宣傳抗戰、民主，反對妥協、獨裁，為平衡國共兩黨的政治勢力，調解兩黨關係，做出了不懈的努力。中間力量開始向中共靠近，也表明了國民黨地位的降低和共產黨地位的提高，是兩黨力量對比發生變化的重要因素之一。

此後，國民黨當局利用當時國際政治形勢的重大變化、人們對蘇聯的惡感及對中共的誤解，策動一些國民黨軍隊和地方頑固勢力，接連製造了山東博山慘案、河北深縣慘案、湖南平江慘案、河南確山慘案等反共摩擦事件，掀起了一股同室操戈、豆萁相煎的反共逆流。

新四軍之所以能在這一地區立足和發展，除了第二次國共合作的合法因素、中共中央的正確領導和指揮外，其重要因素是華中地區經濟資源和人力、物力、財力條件較全國其他地區優越，特別是新四軍軍部所在地的皖江地區，它處於日寇在華中的心臟地帶，扼制著長江下游咽喉和淮南路兩側，迫近南京、蕪湖。皖江地區的經濟條件更為優越，土地肥沃，物產豐富，是我國著名的魚米之鄉，而且水陸交通便利發達，有良好的稅收來源，所以，新四軍軍部設在皖南，一方面，有利於抗日民主根據地的建立，另一方面，有利於指揮所屬各部展開行動，保證新四軍這個神經中樞既能屈，又能伸，退可進山，進可以向平原地區發展，遊刃有餘。皖南既處日寇侵華淪陷區的心臟地帶，又是國民黨與共產黨爭奪以謀它圖的重要地區之一，因此，蔣介石不可能讓新四軍軍部這個全軍的神經中樞久居皖南。

在國民黨所有關於國民精神總動員的文件和正式宣傳材料中，文字上都沒有直接提及共產黨，不過國民精神總動員所包含的反共用意連日本方面也洞若觀火。日本人說：蔣介石「藉國民精神總動員運動賦予三民主義一種反共色彩，使之成為國民黨的三民主義的組織。同時，又在國內施行了過去蔣在江西用以剿共而奏奇功的保甲制度，藉國民公約而使國民遵守三民主義排斥共產主義」。

一九四一年一月四日，新四軍軍部及所屬部隊共九千餘人，在葉挺、項英率領下，踏上了北上征途。六日行至茂林時，突然遭到國民黨軍隊顧祝同、上官雲相所部七個師八萬餘人的襲擊。新四軍被迫還擊，血戰七晝夜，因寡不敵眾，彈盡糧絕，大部壯烈犧牲，軍長葉挺被俘，副軍長項英遇害。這就是震驚中外的「皖南事變」

一九四一年一月三日，蔣介石致電葉挺，強令新四軍從皖南就地北渡，在無為附近地區集結，爾後沿巢縣、定遠、懷遠、渦河以東睢州之線，北渡黃河。

對《抗戰建國綱領》，各黨各派各界均表示擁護，並且願意為它的徹底實現而努力；國民參政會是抗戰時期的民意機關，各黨各派各界也願意積極參加。國民參政會在組織上起著溝通國民黨與各黨各派各界的橋樑和紐帶作用。因此，國民參政會雖然在名義上是民意機關，而在事實上又起到了抗日民族統一戰線的各黨各派各界的聯盟機關的作用。國內各種尖銳複雜的矛盾和鬥爭，在這個機構裏都有集中的反映。

在抗日問題上，五屆五中全會基本上堅持了繼續持久抗戰的立場，其宣言中聲稱「吾人所求為合乎正義之和平，非屈服之和平，屈服只能助長侵略。中國若懼於日本暴力，以屈服謀一時之苟安，則將降為日本之殖民地。」

「政治限共」的實施輔之於「軍事限共」。蔣介石把「做了日軍傀儡的漢奸」和「不服從命令的共產黨」作為國民政府面對著的兩大內敵。蔣介石在日記中一再攻擊中國共產黨是「假抗日，真作敵」。甚至對中國共產黨的恨超過了對日偽的恨。當日本忙於製造汪精衛的偽政權而在軍事上暫時停止了大規模的侵犯時，蔣介石在日記上說：「軍事如常，無變化，唯共產黨作祟為可恨耳！」

皖南事變的真相被披露後，國內外輿論均對國民黨進行指責，對共產黨抱以同情和支持。淪陷區上海各人民團體發表通電，呼籲停止內戰。在香港的進步人士宋慶齡、何香凝、彭澤民等，致電蔣介石和國民黨中央，要求撤銷「剿共」部署，保護抗日力量和抗日黨派。香港的許多大學教授聯名致電蔣介石，呼籲停止內戰，加強團結。海外華僑也紛紛發表通電、文章，反對民族分裂，反對反共內戰。在國際上，蘇聯提出，如果蔣介石不停地反共，蘇聯將不再支援國民政府武器、物資和軍事人員。出乎蔣介石意料的是，英美等國也不贊成國共分裂、中國內戰。

國民黨政府還加強了新聞檢查力度，查封民主報刊，指使特務任意逮捕審訊抗日愛國青年和民主人士，取締抗日民眾團體。

一九四一年一月二十日，中共中央軍事委員會發佈了重整新四軍軍部的命令，任命陳毅為代理軍長，劉少奇為政治委員。同日，毛澤東致電周恩來、彭德懷、劉少奇，指出：「目前我們在政治上取猛烈攻勢，而在軍事上暫時還只能取守勢，唯須作攻勢的積極準備。」廿二日中共向國民黨提出十二條解決時局的根本辦法。其主要內容是要求國民黨停止反共，宣布自己完全錯了，懲辦禍首何應欽、顧祝同、上官雲相，實行民主政治。

但蔣介石並不甘心，一九四〇年二月，蔣介石指使進佔磁縣、武安、涉縣、林縣、清豐等地的朱懷冰、石友三部，再次向太行、冀南進攻，同時令黃河之南的第四十一、七十一軍渡河北進太南協助。八路軍面對國民黨軍的不斷進攻，在一九四〇年三月初，發動了https://www.hetubook.com.com衛東戰役和磁武涉林戰役，驅逐了石友三、朱懷冰部。在此之後，八路軍主動後撤至平順之線，提出休戰。三月中旬，朱德和衛立煌商定：以臨（汾）屯（留）公路和長治、平順、磁縣之線為界，該線以南為國民黨軍防區，以北為八路軍防區。至此，第一次反共摩擦停止。

這個通令和談話，把皖南事變引發的國共兩黨間的緊張關係，推向了又一個高峰，顯示出蔣介石這時確有不怕分裂和打內戰的思想準備。蔣介石把這次事變與「中山艦事變」等同看待。他在一月三十日的日記上說：「解決新四軍案，撤銷其番號，此為國民革命過程中之大事，其性質或甚於民國十五年三月二十日，中山艦事件也。」

這一時期，蔣介石所奉行的「溶共、防共、限共」方針至少在表面上還是維持兩黨合作的政策，想分裂但又不敢公開化，使得抗日統一戰線不至於四分五裂，但與前一階段國共兩黨間比較融洽的合作關係相比，無疑是一個倒退，其對兩黨關係，以及由此而產生的對抗戰事業的惡劣影響是極其嚴重的。

一九三九年春，日本為逼迫國民政府投降，千方百計孤立中國，先後攻佔海南島和南沙群島，直接威脅英法勢力範圍的東南亞，並且封鎖了中國出海口，蔣介石關於日本侵華勢必破壞整個遠東秩序的論斷，開始得到美英的慎重考慮。

在晉西事變同時，閻錫山部隊夥同蔣介石嫡系部隊於十二月八日至廿六日，連續破壞沁水、陽城、晉城等七縣抗日政權，襲擊第五專署、「犧盟會」長治中心區《黃河日報》上黨分館等機關，屠殺共產黨及進步群眾五百餘人，拘捕一千餘人。

在中日民族矛盾為主要矛盾，抗日為中國人民的首要任務的情況下，國共兩黨的摩擦控制在一個有限的範圍內。因為蔣介石還打著抗日的旗幟，抗日民族統一戰線還不能破裂，國共兩黨關係也不能破裂。

更大的變化還在後面。希特勒利用英、法與蘇聯的矛盾，成功地開展了對蘇聯的外交活動，於一九三九年八月廿三日簽訂了《蘇德互不侵犯條約》。消息公布後，舉世震驚，輿論一致譴責，只有蘇聯認為「具有驚人的積極價值」。由於在諾門檻衝突中日軍損失六萬，日本決定暫時放棄「北進」，以儘快結束中日戰爭，它也加緊了與蘇聯進行停戰談判，蘇聯很快與日達成《日蘇停戰協定》。

在接到「皓電」的第二天，第三戰區司令長官顧祝同就指令部隊對奉命北移的新四軍皖南部隊「作堵擊的準備」。到了一九四〇年年底，國民黨殲滅皖南新四軍的軍事部署已基本完成。「佳電」發出後，毛澤東一度對形勢做出了較為樂觀的估計，為了加強政治鬥爭的籌碼，曾提出新四軍在皖南再拖一兩個月，而不立即北移的主張。面對作為最後通牒的「齊電」和國民黨的圍殲部署，毛澤東逐漸改變了對形勢的樂觀估計，命令皖南新四軍迅速北移。十二月中下旬，毛澤東連連致電項英，要求皖南部隊務須迅速渡江，並且作好應付突發事變的一切準備。

這其中的前一段話是講給美國人聽的。因為對日本侵略中國一直無動於衷的美國，到了一九三八年底，看出日本不僅要霸佔中國，而且要控制整個亞洲和太平洋地區的野心，這勢必觸犯美國的切身利益。這時蔣介石派胡適出任駐美大使，經胡適的活動，美國總統羅斯福準備貸款給中國，金額為二千五百萬美元，用以購買卡車和重要物資。但羅斯福首先要求蔣介石保證繼續抗日，因而蔣介石大講「抗戰到底」。

皖南事變發生，使得在抗戰大局下的國共合作關係面臨破裂的危險。如何善其後，便成為國共兩黨，也是全國政治的焦點。

在隨後共產黨組織的反擊中，閻錫山軍事進攻被打敗，削弱了自己的力量，使蔣系勢力乘隙而入。閻錫山權衡利害，與共產黨達成停止武裝衝突、劃區抗敵的協議。

蔣介石深受傳統文化的薰陶和歷史環境的影響，也懂得怎樣充分發揮這些因素的作用擊敗政治對手。在與日本人打交道過程中，他舉起了民族主義旗幟，黨內多年的對手汪精衛則走向了賣國的深淵。蔣介石深知這面旗幟、這種精神需求的偉力。一九三六年十二月，那段令他臉上無光的經歷給他的教訓太深刻了，在民族主義意識高漲的形勢逼迫下，蔣介石承認了中共的合法地位。當抗戰相持階段來臨，戰線基本穩定後，他又積極地開始籌劃利用民族主義意識反擊內部的對手。

一九四〇年，十月十九日（皓日），蔣介石指示國民政府軍事委員會參謀總長何應欽、副參謀總長白崇禧，致電朱德、彭德懷、葉挺，將國民黨頑固派在華北、華中發動的反共摩擦，責任全推到共產黨頭上，指責八路軍、新四軍所屬部隊，「一，不守戰區範圍自由行動；二，不遵編制數量自由擴充；三，不服從中央命令破壞行政系統；四，不打敵人專事併吞友軍。」

皖南事變的發生在中共中央的預料之內，其結果卻遠遠超出中共中央意料之外。新四軍軍部在皖南全軍覆沒，使毛澤東和中共中央其他負責人極為憤怒。共產黨對蔣介石製造皖南事變的陰謀和暴行進行了針鋒相對的鬥爭。《新華日報》報導皖南事變消息，受到國民黨新聞機關的蠻橫扣壓，在一月十八日的報上開了「天窗」，hetubook.com.com周恩來在「天窗」上題詞：「為江南死難者致哀！」「千古奇冤，江南一葉；同室操戈，相煎何急！」周恩來還親自到重慶街頭賣過這份報紙，以示抗議。

十一月九日，中共中央以朱德、彭德懷、葉挺、項英名義向國民黨和全國人民發表通電，一方面揭露國民黨的反共陰謀，拒絕開赴黃河以北；一方面表示，為了顧全大局，願將皖南新四軍部隊開赴長江以北，但須寬限時日。國共之間的關係開始緊張起來。

三月六日，蔣介石在國民參政會上發表的演說雖然仍大談「軍令」，「政令」必須「統一」，但已不得不表示保證「以後決無剿共的軍事」。此外，共產黨參政員為抗議國民黨製造的「皖南事變」，拒絕出席這次會議，但其他黨派代表仍選舉董必武為參政會常駐會員。蔣介石約請周恩來談話，表示許多具體問題（如釋放被扣的人，繼續給八路軍發餉及減輕對《新華日報》壓迫等）可以提前解決，這實際上是蔣介石被迫退讓。至此，國民黨內頑固勢力製造的第二次反共摩擦被擊退了。

與此同時，美、英也在加緊對中國的援助，以保持中國對日作戰的延續。一九四〇年，美國給中國政府貸款一點四五億美元。十月，英國重新開放滇緬公路，允許蔣介石重新經過此路運送援華物資。

蔣介石的手令實際上是下了發動皖南事變的動員令。

新四軍全稱是國民革命軍新編第四軍，主要是在改編南方八省紅軍游擊隊的基礎上建立起來的，新四軍是國共合作抗日的產物。不過出於對中共的戒備之心，從談判改編之日起，蔣介石就處心積慮地限制新四軍的發展。在政治拉攏的圖謀失敗後，蔣介石採取了軍事上和經濟上的限制手段。

蔣介石並不是頭腦簡單的一介武夫，他有著豐富的政治謀略，善於把握形勢變化提供的契機。這表現在他的外交實踐中，也表現在他的反共實踐中。

關於黨務問題，蔣介石在五屆五中全會上作了《喚醒黨魂，發揚黨德與鞏固黨基》的報告和《整理黨務之要點》的講話。

遺憾的是，項英的目光始終盯在天目山、黃山、四明山帶。他甚至希望在那裏重新恢復當時的中央蘇區。為了實現這個「三山計畫」，項英未同任何人進行過論證和探討，一直在暗中作必要準備，他把眾多的主力部隊和軍政幹部留在身邊，不願意撤出去，不顧中共中央與葉挺的一再催促，遲遲不做出北撤或東撤的決定，用意也在於此。令人痛心的是，正是由於他沉迷於構建他的「三山計畫」，佔據東南半壁河山的設想，一再遲滯了隊伍的轉移，而讓國民黨軍隊布下了天羅地網，從而喪失了化險為夷的有利時機。

一九三九年十一月，國民黨召開五屆六中全會，實行把「政治限共為主」改變為「軍事限共為主」的政策，並發出進攻八路軍、新四軍的密令。

這個地區，對日寇來說，它是掠奪我國人力、物力、財力的主要地區所在，也是連接華北、華南的樞紐和實施南進計畫的後方基地之一；對國民黨來說，它是自一九二七年後十多年統治的最基本地區，也是它在華北失敗後與中共拼死爭奪的主要地區；對中共來說，是繼華北之後進一步開展敵後抗戰、建立抗日民主根據地、發展革命力量的主要地區。

一九四〇年九月三十日，韓德勤傾其主力一萬五千餘人向駐黃橋的新四軍進攻。十月三日，新四軍七千餘人在陳毅指揮下奮起反擊，擊斃韓德勤部一萬一千餘人。至此，蔣介石已無力在蘇北與新四軍進行較量，便將其軍事進攻的重點指向皖南。

會後，國民黨中央還連續制定了一系列秘密文件，如《防止異黨活動辦法》（一九三九年四月）《共黨問題處置辦法》（一九三八年六月）、《異黨問題處理辦法》（一九三九年十二月）、《淪陷區防範共產黨辦法草案》等等。這些文件在「國家至上，民族至上，軍事第一，勝利第一，意志集中，力量集中」的口號下，利用國民黨執政黨的地位，對中國共產黨進行防範、限制、排斥及至打擊。

但是在反侵略的民族戰爭中，個人的命運與民族是很難分開的。這又促使蔣介石不敢公開撕裂抗日民族統一戰線，除了一些防共限共文件秘而不宣外，不得不為一連串反共軍事行動和慘案尋找各種藉口。

皖南地處華中抗日根據地的腹地，華中抗日根據地位於江、淮、河、漢之間，東臨大海，西屏武當，南起浙贛，北至隴海，包括江蘇的絕大部分，安徽、湖北的大部分，河南、浙江的一部分，湖南的一小部分，總面積約三十萬平方公里，人口六千餘萬。這一地區物產豐富，交通發達，不僅在政治上、軍事上，而且在經濟上更具有重要地位。

同時將國民黨「中央提示案」以最後決定的形式通知，限令八路軍，新四軍於一個月內全部移到黃河以北。這實際上就是要將新四軍以合法名義擠出華中這塊人力資源充足、經濟條件富裕、水陸交通發達的地區，將新四軍軍部擠出退可以進山，進可以向平原發展的地區，使新四軍在羽毛尚未完全豐|滿之時，到黃河以北與敵之重兵作戰，以假日本人之手，大量消耗我軍。同時，奪取我黨我軍經過浴血奮戰而建立起來的黃河以南及長江流域的抗日根據地。

此前，國民黨中央廣播電臺還故意播發新四軍北移消息，暗示日軍封鎖長江江面，加緊「掃蕩」蘇南。十二月九日，蔣介石在得知駐滬日軍軍部參謀長櫻井赴寧同www.hetubook.com.com西尾壽造商定了進襲新四軍計畫後，密令顧祝同對皖南新四軍只准其由江南原地北渡，妥為部署並準備將其解決。

英美和日本兩方面都想拉蔣介石，這就提升了蔣介石集團在國際上的地位。蔣介石感到此時趁機打擊共產黨的力量，把中國命運完全掌握在國民黨的手裏，在國際上不會引起英美的反對，這次蔣介石把矛頭集中指向新四軍。

一九三九年一月廿一日至三十日，中國國民黨在重慶召開了第五屆中央執行委員會第五次全體會議，這次會議對隨後的抗戰產生了較大的影響。五届五中全會的内容涉及第二期抗戰的政治、軍事、經濟、外交、教育等方面，主要議題是抗戰與黨務問題。

從這次全會可以看出，共產黨明確表示拒絕兩黨合併方案，而國民黨則鄭重聲明拒絕跨黨方案。第二次國共合作並無統一的綱領和具體的組織形式，此後，兩黨繼續以臨時協商的方式維持合作關係，直至再次破裂。

為了實施「軍事限共」國民黨當局於一九三九年初設立冀察、魯蘇兩個戰區，逐步向華北和華中敵後增派兵力，這一部署雖然也有積極展開廣大的游擊戰的一面，但其主要目的則是加強國民黨在華北的武力，以限制共產黨的發展。六月，蔣介石又密令朱紹良、胡宗南、馬鴻逵、馬步芳等部，對陝甘寧邊區實施「監圍」，「嚴防『奸偽』向西南流竄。」到一九三九年五月止，國民黨在陝甘寧邊區周圍修築了五道封鎖線，西起寧夏，南沿涇水，東至黃河，綿延千里。

同日，蔣介石公然發佈「展期限新四軍北移」的手令：

在內外責難接踵而至的處境下，蔣介石被迫力圖縮小事件的影響範圍。一月廿七日，蔣介石在發表「中央紀念周」講話中表示：「政府此次制裁新四軍，既完全為整肅軍紀，當然不牽涉其他問題，這次處置新四軍，純為制裁違抗命令危害抗戰的軍隊，對於其他遵守命令努力抗戰的軍隊，毫無關聯，也絕無什麼政治性質。現在抗戰期間，凡遵守抗戰建國綱領之一切個人團體和黨派，政府絕對尊重，其應有人身自由與獨立之人格，而予以法律之保障。只要不是利用武裝軍隊抗拒法令的行為，即使有牽涉法律的問題，政府亦當根據法律正當手段來處置。」

有多年「剿共」經歷的蔣介石，深知中共的力量源泉在於它的思想體系動員了廣大的民眾。所以，要「溶共」，除了組織上的合併或取消、軍事上的打擊與分化，還要從根本上否定中共及共產主義思想體系在中國存在的合理性。五届五中全會因而確立了以「政治限共」為主的方針。

而後一段話則是說給日本人聽的。因為自開戰以來，蔣介石與日本政府之間的和談大門一直沒有關閉，但近衛文麿的第三次宣言所提出的條件已經徹底打破了蔣介石的底線，即恢復「七七」事變以前的原狀。所以蔣介石在當時反對對日妥協，但並非斷然排除與日本談判媾和的可能性，問題只是在於時機與條件。

為了割斷新四軍與八路軍的聯繫，一九四〇年三月，蔣介石命令在江北的新四軍部隊一律開赴長江以南，並命令韓德勤部和李品仙部向江北的新四軍第四、第五支隊發動進攻。中共中央拒絕了蔣介石的命令，並針鋒相對地提出江南部隊北調的要求。同時，新四軍江北部隊粉碎了韓德勤部和李品仙部的進攻。

國民黨部分軍事領導人自恃軍力雄厚，揚言八路軍、新四軍不過「威脅我軍」，對此前在河北、晉西和蘇北等處與中共軍隊衝突慘遭失敗憤憤不平，必欲報復。正是在這種氣氛下，蔣介石於十二月七日批准了軍令部一再呈報的《剿滅黃河以南匪軍作戰計畫》。

事變發生後，國民黨封鎖消息，妄圖掩蓋事實真相。可是，近萬條人命豈是幾句敷衍話所能了事的。

限制異黨活動的秘密文件主要是針對共產黨的，一些民主黨派民眾團體也受到限制，蔣介石對他們的發展壯大同樣不放心。在這種情形下，維繫抗日民族統一戰線的只有兩個東西：一個是《抗戰建國綱領》，一個是國民參政會。

「提示案」的實質在於極度削弱和限制共產黨領導下的人民抗日武裝，對此，中國共產黨進行了堅決的鬥爭。蔣介石想通過談判來削弱或消滅新四軍的企圖沒得逞，便決定以軍事手段來達到目的。

蔣介石限制新四軍是蓄謀已久的。早在抗戰初期，他就把新四軍作戰地區劃在東西不過百餘公里，南北約五六十公里的沿江狹長地帶，企圖限制新四軍的發展。他還指使下屬經常剋扣新四軍的軍需供給，破壞皖南的工業合作運動，阻止新四軍發展軍事經濟。但蔣介石的這一企圖並沒得逞，新四軍在鬥爭中迅速發展壯大。由成立時的一萬多人，發展到八點八萬多人，並且建立了多個根據地。

蔣介石也在題為《以事實證明敵國必敗我國必勝》的開幕詞中，表示要堅持抗戰。他說：「我們一定要持久抗戰奮鬥到底，不但使敵人過去『速戰速決』的目的不能達到，而且要使他現在『速和速結』的陰謀成為粉碎，這就是我們今日唯一的方略，這就是敵之失敗，也就是我和_圖_書國勝利的基礎。」同樣，他還說到「我們目前如果妄想妥協，希求僥倖的和平，就無異於自投羅網，自取滅亡。須知敵國前首相近衛上月二十二日發表的所謂調整國交的談話，實在是誘降的文告，而不是講和的條件。如果依此而講和平，老實說就是降服。」

十日，蔣介石又密令顧祝同對江南新四軍「按照前定計劃，妥為部署，並準備如發現江北匪偽竟敢進攻興化或至期限（本年十二月三十一日止）該軍仍不遵命北渡，應立即限期解決，勿再寬容。」

於是，國民黨確定了以「溶共、防共、限共」的手段來試圖達到其壯大自身的目的，還設置專門的「防共委員會」。五届五中全會極力製造反共輿論，確立了「溶共、防共、限共、反共」方針，為其日後進行反共活動製造輿論準備。

十二月八日，何應欽、白崇禧發出「齊電」，聲明「軍令法紀之尊嚴，必須堅決維持」責令新四軍要「幡然悔悟，放棄規外之行動」，並再次強令將黃河以南的八路軍新四軍「悉數調赴河北」。

蔣介石隔斷八路軍與新四軍之間戰略聯繫的企圖被挫敗後，又企圖逼令八路軍、新四軍由五十萬人縮編為十萬人，並全部開赴黃河以北，以限制其發展。為此，七月十七日，國民黨提出了一個「中央提示案」，要點如下：「一、擬定『陝甘寧邊區』範圍（此時准其包括十八縣），改稱『陝北行政區』暫隸行政院，但歸陝西省政府領導。二、劃定第十八集團軍及新四軍作戰地境，將冀察戰區取消，其冀察兩省及魯省黃河以北，併入第二戰區，仍以閻錫山為司令長官，以衛立煌、朱德為副司令長官，秉承軍事委員會命令指揮作戰。三、第十八集團軍及新四軍於奉令後一個月內，全部開到前條規定地區之內。四、第十八集團軍准編為三軍六個師，三個補充團，另再增兩個補充團。新四軍准編為兩個師。」

在山西，閻錫山懼怕迅速發展起來並受共產黨抗日統一戰線影響較深的新軍變為異己力量，決定「討伐」新軍。一九三九年十二月三日，閻軍首先在永和附近襲擊抗日決死隊第二縱隊之第一九六旅旅部，同時破壞永和、石樓、洪洞、蒲縣等六個縣的抗日民主政權及「犧盟會」等抗日團體，殺害包括洪洞、蒲縣縣長在內的政府人員，「犧盟會」幹部及八路軍晉西支隊後方醫院傷病員，工作人員共數十人，製造了「晉西事變」，亦稱「十二月事變」

國民黨的五届五中全會是在反共情緒高漲的情況下召開的。因此，如何對付共產黨，在五届五中全會上，蔣介石做了異常明確的、總結式的回答：「現在要溶共，不是容共，它如能取消共產主義我們就容納它。」

十二月，胡宗南率部向陝甘寧邊區進攻，佔領了淳化、楊邕、正寧、中縣、鎮原五座縣城，並集結部隊，準備進攻延安。

「皖南事變」在日軍無休止的攻勢中雖然有了一個令雙方都能基本接受的善後處理，但是它已經給抗日民族統一戰線留下一道永遠無法彌合的裂痕。統一戰線之所以沒有完全破裂，起決定作用的還是「一個民族敵人深入國土」這一事實。隨著抗日戰爭形勢逐漸的好轉，國共之間的鬥爭將更頻繁。

晉冀魯豫根據地東連魯西、西接晉西北，是華北敵後戰場的中樞，也是國民黨製造反共摩擦的多發區。

國民黨方面對上述條約和協定的態度是複雜的。蔣介石對蘇聯的惡感和敵意陡然增加，不過考慮到當前抗戰獲得蘇援必不可少，在蘇與英法反目為仇的情況下，仍一廂情願地希望促成中蘇英法聯合對日的局面。正因為這樣，國民黨當局沒有直接對條約進行評論，只說和約簽訂後國際形勢迅速變化，「我們應以一定不變來應付瞬息萬變的時局」。不過，對日蘇侵犯中國主權，國民黨方面提出了強烈抗議，昭示中外，決不承認所謂「四國」勘定的邊界。

蔣介石說：「到了現在，本黨差不多是奄奄一息，沉寂無聲，一般民眾不僅對黨無信仰，而且表示蔑視，我們現在要振興本黨，領導革命，第一根本要務是要樹立黨基，鞏固黨基。」國民黨重視自身的建設和發展，這本無可非議，也是抗戰事業所必要的。但是這次全會把中共力量的壯大，及其在全國政治影響和地位的提高，視為國民黨自身頹勢的一個重要原因，唯恐中國共產黨在抗戰中「坐大」，危及國民黨對全國的統治。

對於歐洲戰爭，蔣介石認為是世界戰爭的正式開端，並且與中國的抗戰聯繫起來。蔣介石聲明：「我們認為中國問題，實在是世界問題之一環」，這次抗戰「一定與勢在必起的世界戰爭連接起來，並且與世界戰爭同時結束，才能獲得最後的勝利」。然而蔣介石的出發點，是把抗戰勝利收回主權的主要希望寄託於英美等國際力量；主要目的是為了鼓舞國民黨軍政人員的士氣，掃除長期存在的悲觀情緒。這就等於告訴他的部下，今後可消極抗戰，坐等英美等打敗日本，保存實力用於解決中共問題。