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西藏一直是中國領土不可分割的一部分，但伴隨著英國對中國侵略的加劇，特別是一九〇四年榮赫鵬率軍入侵拉薩之後，中國在西藏的主權便受到了嚴重威脅。英國多次鼓動西藏脫離中國「獨立」，辛亥革命後，在中國政府堅決抵制下，這些圖謀終未實現。南京國民政府成立以後，設置了蒙藏委員會，第十三世達賴喇嘛採取了親中央的政策，英國在西藏的侵略與擴張暫時受挫。

盛世才統治新疆時，打擊迫害了一大批人，民怨極深。他離開新疆後，先後多次遭到起訴和責難，蔣介石並未食言當年為盛世才負責一切的承諾，每次均保護其過關。他認為盛世才將新疆奉獻於中央是一大功績，大家要明瞭此旨，「顧念大體，勿再責難往事」一九四九年盛世才隨蔣介石逃往臺灣，任「國防部」上將參議、「行政院光復大陸設計委員會委員」，直至一九七〇年七月十三日，於臺北病逝。

志得意滿的沈宗濂此時又想起那一番話，更深切地覺察到了其中滋味，因此，他決心把握時機，趁熱打鐵。他建議蔣介石一邊消除西康割據，一邊修築康藏公路，就像當年修築史迪威公路一樣。外交上，則在聯合國支持印度獨立，同時與印度簽訂協定，要其承認西藏是中國的一部分。

沈宗濂入藏後，通過設宴、贈禮、佈施，廣泛交往噶廈的主要官員、僧官、大小活佛，還約見了達賴。雖耗費巨大，但終於造成了沈宗濂入藏的浩大聲勢，頗令拉薩上層人物刮目相看，漢藏之間的感情也因此較前有了好轉。

在尋覓十四世達賴轉世靈童問題上，國民政府當時決定仍襲用這個傳統方式，利用當時西藏上層僧侶集團間的爭權鬥爭，拉攏親國民黨的攝政熱振呼圖克圖，由他親自去青海湟中接來一個靈童，宣稱其身分完全符合十三世達賴圓寂前的遺言，而後中央政府又委派蒙藏委員會新任委員長吳忠信來拉薩，在布達拉宮用金瓶掣簽，決定了該靈童為十四世達賴喇嘛。坐床大典在一九四〇年二月廿三日舉行，由吳忠信親臨主持。事後在西藏方面的同意下，吳忠信在拉薩正式設立了國民政府駐藏辦事處，隸屬於蒙藏委員會，由孔慶宗任處長。就這樣，國民政府駐藏機構正式建立起來。

廣大西藏愛國人士堅決反對噶廈的分裂活動。一位西藏人告訴孔慶宗說，「西藏雖欲獨立，但無資格能力，終必依一大國，中央對藏向有主屬關係，不比外國，不能歸入外交局，中央如欲保藏，需及時設法加以處理，免依他邦；而藏人向由漢官管理，理由正大，尤其由中央嚴電堅持根本解決。」

新疆屬多民族聚居區，漢族人口只占其人口總數的百分之六。在盛世才之前主政新疆的楊增新、金樹仁都不是新疆本地人，為了達到自己政治擴張的目的，推行鼓勵種族對抗的「分而治之」的政策，他們還利用國民政府的軟弱，主動向俄國靠近，試圖以犧牲國家統一為代價，維護自己的地區獨立。

六月，美國副總統華萊士由蘇聯經迪化赴重慶，外交部長王世杰到迪化迎接。一時間傳言四起，說華萊士此行是調整中蘇邦交而且將建議國民政府調走盛世才。真是如此的話，這等於要盛世才的命|根|子，更促使盛世才鋌而走險。

按西藏的宗教信仰，達賴圓寂後一定會在某地「轉世」，不過，自稱轉世靈童卻不止一人，這就要靠金瓶掣簽決定。這個規矩源自清朝。一七九二年，乾隆皇帝打敗了盤踞在西藏的廓爾喀人，挽救了西藏的神權統治後，便立下了由乾隆御賜一隻金瓶（稱金奔巴瓶），世代保存在拉薩。以後凡遇達賴或班禪的繼承問題發生紛爭時，就由駐藏大臣親自主持大典，用金瓶當眾抽籤決定所謂有繼承資格的靈童身分。當時駐藏大臣在前藏後藏各有一人，一駐達賴所在地拉薩、一駐班禪所在地日喀則，西藏官員及僧侶在這一問題上均須服從駐藏大臣用這一方式作出的繼承人決定。

蘇聯紅軍駐紮哈密守衛新疆的東大門，名義上是和*圖*書為了保障蘇聯中亞的安全，實際上是增強盛世才抗拒蔣介石的力量，鞏固盛世才在新疆的統治，加強蘇聯對新疆的控制。隨著抗日戰爭的爆發，盛世才獨立於中央政府的做法在隨後的兩年裏達到了頂點。不過，由於蘇聯成了中國的戰時盟友，盛的親蘇政策也就得到了蔣介石的認可。

一九四三年初，國民黨新疆省黨部恢復，盛世才任主任委員，宣誓服從黨總裁（蔣介石）的領導。不久，國民黨中央以協助新疆「剿匪」為由，開始調遣部隊進駐新疆。在中央勢力大批湧入的形勢下，盛世才意識到自己的地位朝不保夕，希望與局勢迅速改觀了的蘇聯重續舊情。蘇聯鑒於與中國的盟友關係，拒絕了盛世才的要求，怒氣未消的史達林甚至要求蔣介石剝奪盛的權力。

蘇聯援助支持盛世才，只是想建立一個能加以控制的親蘇政權，作為保障中亞地區安全的屏障，同時掠奪自然資源，這同欲建獨立王國的盛世才是有矛盾的，蔣介石在這裏看到了收服盛世才的希望。

在英印當局的支持下，西藏地方政府也採取了強硬態度。一九四二年七月六日，西藏地方政府成立了所謂「外交局」，中央政府同西藏地方政府的關係更加惡化。次日，噶廈致函蒙藏委員會駐藏辦事處，稱西藏攝政決定新設「對中國及他國辦理外交人員之機關」「今後漢藏間事無巨細，請徑向該機關洽辦」

沈宗濂曾在侍從室同仁為他餞行的酒席上坦率地說過：「我此行花錢如流水，不是不懂得節約，只是同落後又專制封閉的西藏政教上層人物打交道，不但要施之以威，還要誘之以利，在器量和魄力上都壓過他們，否則是會被他們小看的。」

一九四二年五月，朱紹良和翁文灝赴烏魯木齊與盛世才談判。他們帶去了蔣介石的一個資訊，即許諾不追究盛世才的「過失」。

蔣介石十分重視新疆還政於中央的事情。八月廿八日，蔣介石偕夫人宋美齡飛赴嘉峪關視察，為了顯示自己的誠意，次日，蔣介石讓夫人宋美齡赴迪化會晤盛世才。宋美齡帶去的當然不只是委員長的慰問和歡迎，還有蔣介石的指示：調派甘肅境內政府軍由蘭州進駐安西、玉門，牽制在哈密的蘇軍；委派新疆外交特派員，將外交權收歸中央；肅清新疆共產黨；令蘇軍退出新疆等項。宋美齡此行標誌著盛世才與蘇聯關係的最終破裂。其間，蘇聯人企圖介入，但盛世才已經孤注一擲了。兩個月後，盛世才要求蘇聯人從新疆撤軍。

恰恰在此時，蔣介石卻無暇顧及西藏問題。抗戰勝利後，國内形勢的發展頗出乎國民黨的意料，蔣介石一面依靠美國調停國共內戰，一面卻又在作重打內戰的準備。況且當時東北、新疆、內蒙問題也日趨突出。蔣介石囑咐陳布雷電告沈宗濂，謂「奉委座指示，目前國內局勢複雜，故西藏問題只能維持現狀，不宜多事更張。吾兄才華卓著，年來在藏多有建樹，弟所欽佩，唯按之現實，只能以無事為大事，以無功為大功。區區愚見，諒蒙明察。」沈宗濂是聰明人，接到這個複電後，知局勢既已如此，事已斷不可為。自此他也就無心戀戰，而亟謀脫身之計。當初一番雄心，只能付諸東流了。

八月廿九日，國民政府下令撤銷新疆邊防督辦公署，任命吳忠信為新疆省政府主席，所有駐新疆部隊歸中央軍事委員會直轄。九月，盛世才赴重慶，結束了他在新疆的軍閥統治。

面對英國的外交干涉，國民政府表示出強硬態度。蔣介石指示外交部次長吳國楨將薛穆送交的備忘錄退回，表示決不允許任何國家干涉中國內政。他指出：「西藏為中國領土，我國內政決不受任何國家干預。英國如為希望增進中英友誼，則勿可再干涉我西藏之事。如其不再提時，則我方亦可不提；如其再提此事，應請其勿遭干預我國內政之嫌，以保全中英友誼。」

英國一直以宗主權迴避中國對西藏的領土主權，沈宗濂在入藏前曾拜會過英印當局的外交部長卡羅，雙方對此有過爭執。最後卡羅爵士含蓄地說：「依我理解，當一個國家強大時，宗主權可以說是主權的同義詞，並無區別，但是如果國家實力不逮、内部分裂，則這個主權自當別論了。」

沈宗濂早年畢業於清華大學，曾留學美國，為人精明幹練，富有謀略。在郭泰祺任外交部長時，沈任其總務司長。一九四一年末，他調入侍從室第四組為秘書。此後他潛心研究各類問題，幾年來為蔣出謀獻策，頗多建樹，https://m.hetubook.com.com深得蔣的讚賞。其中有一份意見書，就是進言蔣介石利用當前時機，加強與西藏的關係。這一意見正中蔣的下懷。此外，沈宗濂在外交部任內，曾隨戴季陶特使出訪過緬甸和印度，對印度情況相當熟悉。戴曾在蔣的面前誇讚沈宗濂思考周密，有膽有識，這也給蔣介石留下了深刻印象。

一九四五年八月十四日，台電傳來日本投降的消息，拉薩舉行了火炬遊行，慶祝抗戰勝利。次日，沈宗濂舉辦慶祝宴會，西藏地方政府的攝政、噶倫、各大寺的堪布和活佛莫不前來參加，駐拉薩的英印、尼泊爾代表也率員趕來祝賀。在一片歡慶的氣氛中，中央的聲望再次大振。

面對國民政府與蔣介石在西藏主權問題上堅決的不妥協表態，英國政府檢討了自己對西藏的政策，七月七日，英國戰時內閣通過了《有條件承認中國對西藏宗主權的決議》。英國對於西藏仍然賊心不死，他們用宗主權代迴避領土主權，聲稱「對中國宗主權的任何無條件承認，都會削弱英國政府保護西藏自治權的立場」。這樣，英印當局向西藏提供軍火便是很自然的了。同時，英國於一九四三年秋派遣軍官組成軍事訓練組，赴江孜、拉薩等地，幫助藏軍擴編軍隊，檢修藏軍所有的山炮，訓練人員等。

在施加軍事壓力的同時，蔣介石於五月十二日在重慶召見了西藏駐京辦事處主任阿旺堅贊等人。阿旺堅贊首先向蔣介石陳述了噶廈「請求制止軍事行動之意」，蔣介石給予了嚴厲的回答，「調動軍事，乃一方防止日寇勾結西藏，一方保護修築中印路及驛運」。蔣介石還提出了西藏應遵照辦理的五點要求：「協助修築中印公路；協助辦理驛運；駐藏辦事處向藏洽辦事件必與噶廈洽，不經外交局；中央人員入藏，凡持有蒙藏委員會護照者，即須照例支應烏拉；在印華僑必要時須經藏内撤。」蔣介石指出：「如西藏能對此五事遵照辦事，並願對修路驛運負保護之責，中央軍隊當不前往，否則，中央只有自派軍隊完成之。」蔣進一步表示，「中央絕對尊重西藏宗教，信任西藏政府，愛護西藏同胞。但西藏必須服從中央命令，如發現西藏有勾結日本事情，當視同日本，立派機飛藏轟炸。」

十四世達賴坐床時只有十二三歲。按西藏慣例，在老達賴圓寂，而轉世達賴尙未成年之前，可由地方政府推選一位大活佛作為攝政，具體主持西藏的政務和教務。當時推選攝政的大活佛就是那個出身於沙拉寺，當時年僅二十餘歲，靠近國民黨的熱振呼圖克圖。他在熱忱接待了黃慕松和吳忠信這兩位中央派來的大員後，又消弭了抗戰時期一些藏民在西康、青海邊緣地帶的滋事生非。他還派遣一個名為「西藏慰勞抗日將士代表團」到重慶，並贈給前方將士羊皮一萬張、銀圓五十萬以作慰勞。這是民國以來西藏當局向國民政府所表示的最友好的一次舉動。

蔣介石一直關注蘇聯在新疆勢力的增長，並多次警告蘇方不能同新疆地方政府簽訂條約，只是苦於沒有合適的機會對新疆採取行動，蘇德戰爭的爆發無疑給蔣介石提供了一個絕好的契機。一九四一年秋，揣度到盛世才心態的蔣介石派蒙藏委員會委員長吳忠信任西北黨政考察團團長，赴甘、寧、青等省考察，意在控制河西走廊，壓迫新疆。吳忠信巧妙地利用馬步芳與馬步青兄弟的矛盾，成功地使國民黨軍隊進駐隴西，為進入新疆打開了通道，已經關注重慶的盛世才對這一切自然都看在眼裏。

蔣介石極高地評價收服盛世才、使新疆主權回歸中央一事。一九四二年十二月三十一日，蔣介石在一年總反省中說：「新疆省主席兼督辦盛世才於七月間公開反正，河西走廊馬步青軍隊亦完成撤回青海。於是，蘭州以西直達伊犁直徑三千公里之領土（古代歐亞主要交通路線所經地之地區）全部收復，此為國民政府自成立以來最大之成功，其面積實倍於東北三省也。」

盛世騏去世後第二天，《新疆日報》便用「國際大陰謀」大標題報導了這一消息。蔣介石也迅速反應，他三次召見新疆駐重慶代表張元夫。四月中旬，派張元夫去迪化，向盛世才提出談判條件，中央政府準備派三個師進駐新疆，並提出派專機接盛世才去重慶面晤。長期違抗中央的盛世才當然不敢貿然赴渝，於是他派另一位弟和-圖-書弟盛世驥為代表，赴重慶晉見蔣介石。

在數度協商未果的情況下，孔慶宗建議中央對西藏當局採取強硬態度。但重慶政府姑念漢藏兩族的兄弟情分，將軍事解決視為下策，仍積極爭取政治解決。蔣介石於八月廿六日乘飛機巡視青藏邊地區，認為解決藏事以政治手段為主，軍事手段為輔，只要西藏承認國民政府為中央政府就足夠了，於是決定「對藏暫時隱忍，以冀其自覺」。此時正值英美宣布放棄在華特權，蔣介石希望以此為契機，從廢除過去的不平等條約入手，一舉解決西藏問題。但是，這種把希望寄託於第三力量自動退出的設想是行不通的。

當德國人在一九四一年六月威脅蘇聯時，盛世才開始懷疑史達林將來幫助他的能力。這樣，他逐漸把目光轉向重慶。對於這一契機，精明的蔣介石當然不會讓它白白溜走。盛世才的轉向，是在蘇德戰爭爆發與蔣介石的步步進逼中完成的。

盛世才的離去並非意味著中央政府控制新疆時代的開始，問題依然很多。在一九四四年以後的歲月裏，政治上的統一仍然是政府努力的目標。不過，在後來安撫民族情緒的問題上，蔣介石把重任交付給了「和平將軍」張治中，終於有了一定和緩。「拉一派打一派」的羈縻政策，和崇尚武力的「鐵血政策」在民族問題上已經行不通了，蔣介石似乎也意識到了這一點。

一九四四年八月十一日深夜，盛世才逮捕了國民黨省黨部書記長黃如今、建設廳廳長林繼庸等中央政府派新人員，指責他們是混進國民黨的共產黨，企圖在新疆建立共產黨新政權，並與蘇聯駐迪化總領事有密切聯繫。蔣介石當然不信，他一面派朱紹良等入新安撫，一面命令入新部隊挺進迪化，做好應變準備。

「八。一一」案發生時，蔣介石正為面臨衡陽戰敗和羅斯福要求蔣把軍隊指揮權轉給史迪威兩事而苦惱，他不容再有後院之火，於是一面對盛世才採取嚴密的軍事措施以防不測，一面親自召見朱紹良，要一舉解決新疆問題。當時朱紹良正值足疾復發，雖勉能舉步，但不能登山，時在重慶黃山公寓的蔣介石用其座轎將朱紹良從山下迎到公寓門前（這在蔣介石是破例的迎客），兩人商談達三四小時之久。鑒於新疆局面的嚴重，為防劇變發生，蔣介石要朱去新疆。深得蔣介石信任的朱紹良也甘冒不測危機，親到迪化一行。據朱紹良年譜記載：「委員長與朱先生密談時，座位極近，忽以手加於朱先生膝上，關切的詢問朱先生有兒女多少及年齡大小？意在負責朱先生身後」。朱紹良此行終於扭轉危局，使盛世才離開新疆，接受中央任命，任農林部長。

西藏地方政府在英國政府的唆使下，為了防止中央政府勢力進入西藏，竟派兵阻止康印公路勘測隊入藏，並以「佛示不准」為藉口，於一九四二年一月十三日要求國民政府「收回成命」。針對這一情況，蔣介石採取了軟硬兼施的政策。一方面多次召見西藏駐重慶代表羅桑札喜，請求藏方深明大義，不再阻止康印公路的修築，並答應向西藏提供一定的財政補助；另一方面在西康和青海部署軍隊，企圖以武力壓迫西藏地方政府讓步。他將原駐河西走廊的馬步芳第八十二軍主力韓起功部調回青海，又任命馬步青為青海柴達木屯墾督辦，率所部騎五軍移師西寧，增加對西藏的軍事壓力，並密電西康省主席劉文輝在康藏集結兵力。

沈那時正屆壯年，身體已經發福，頭髮半秃，鼻上架一深度近視眼鏡，彎腰躬背，行走時常持一根手杖，步履蹣跚而臉色莊重。蔣介石選擇這樣一個人物作為大員出使西藏，一般不詳內情的人自然頗覺不可理解。

當時中國是反法西斯四大盟國之一，中國抗日戰爭勝利後，必然對印度獨立運動以及整個形勢產生直接的巨大影響。所以這時英印政府一改以往的冷漠態度，十分重視國民政府派沈宗濂駐拉薩之舉。這次沈宗濂到達拉薩一個月後，英印方面駐錫金的行政官、英人古爾德爵士也帶了大批禮品，追蹤到拉薩作所謂「友好訪問」。此行顯然是為了探視沈宗濂到拉薩後的動作和西藏當局對沈的態度。

沈宗濂上任前，蔣介石召見他作了一次詳談。蔣介石特別強調此行工作艱鉅，使命重大，要沈宗濂在不引起英印當局疑慮的情況下，很好地完成四項任務：其一，宣揚中央的實力和統一中國的決心。其二，強調中央政府對藏民的一貫友善和尊重態度，指出只有加強同內地聯繫，與之結成一體，西藏才能有光明前ｈtｔps://ｗww.hｅｔubｏｏｋ.cｏm.ｃｏｍ途。其三，要求西藏方面同意中央派員勘察修築康藏公路，迅速打開西藏與內地交通隔絕的局面。其四，加強雙方間的友好合作。此外，蔣介石答應撥出一筆特別款項，以黃金、外幣計算，作為沈宗濂此行的活動經費。沈在行前可作一預算計畫，開列進藏需用各項開支，包括購置禮物，直接饋贈的費用等等。

面對中央政府的軍事壓力，西藏地方當局確實慌了手腳，噶廈立即致函英國駐拉薩代表，「請求我們最大的盟友英國政府，通過印度政府給予我們盡可能的援助，以支持和維護我們的獨立地位。」

一九四〇年十一月廿六日，盛世才與蘇聯秘密簽訂的為期五十年的《新蘇租借條約》，嚴重損害了中國主權。盛世才後來在給蔣介石信中與回憶錄中均將史達林的逼迫作為簽訂條約的原因，但從當時盛世才的親蘇言論與新疆對蘇聯的依賴態度看，盛的個人原因似乎更可以成立。因為一九四一年一月盛世才還向蘇聯提議：新疆脫離中國，建立蘇維埃共和國並加盟蘇聯。只是在當時的國際環境下，蘇聯需維持中蘇同盟關係，才未接受盛的提議。

一九四〇年夏，在日本壓力下，英國政府關閉了中國唯一的國際運輸線――滇緬公路，使中國物資供應陷入困境。一九四一年上半年，國民政府為解決滇緬公路運輸不足的問題，計畫由中、英、美三國共同修築由西康經西藏的鹽井、察隅至印度東北邊城薩地亞的中印公路。印度政府認為如果修築該公路，「作為事實上獨立的緩衝區並且與英國和印度有著密切聯繫的西藏的地位就會受到損害」，因此堅決反對修建中印公路。但他們又不便直接拒絕中國的要求，於是就以「必須事先徵得西藏人的同意」為藉口加以阻撓，同時授意西藏噶廈出面反對。

與國民黨人建立了統一戰線後，作為延安與莫斯科之間中轉站的烏魯木齊引起了共產黨人的興趣。一九三七年，王明與康生從蘇聯回國途經新疆時，盛世才主動要求加入中國共產黨。儘管其申請由於史達林的介入而遭拒絕，盛卻贏得了諸如陳潭秋、鄧發及楊之華等著名中共領導人在其省政府中工作。毛澤東派自己的弟弟毛澤民赴烏魯木齊，任盛的「私人顧問和助手」。

西藏地方政府在此情況下，不得不找臺階下，聲稱「當前的麻煩並不在漢人政府本身……我們沒有理由因猜忌而同漢人鬧糾紛」，他們將責任推到了馬步芳身上，認為「馬步芳的行動必定有他重要的個人目的，這一目的可能對西藏和印度的利益皆有不利」噶廈終於在蔣介石關於漢藏關係向西藏地方當局提出的五點指示基礎上向中央做出了讓步。

一九四三年初，面對西藏局勢的演變，中央政府認識到單靠政治手段尚不足以解決藏事，必須輔之以軍事壓力。一九四三年四月，西藏噶廈停止了漢藏驛運路線後，蔣介石便命令青海、西康和雲南的軍隊向西藏邊界開進。由於多種原因，雲南和西康的軍隊實際上沒有採取行但青海省主席馬步芳在得到中央軍事援助――騎槍二百支、輕機槍五十挺、子彈數萬發和一些軍費後，調集數千軍隊開赴青藏邊界。

一九三八年九月，盛世才訪問蘇聯時秘密加入了蘇聯共產黨。盛世才通過此舉進一步表明了自己疏蔣親蘇的熱誠，但這仍然是出於在新疆搞獨立王國的需要，並非是他接受了共產主義信仰。就蘇聯來說，吸收盛世才入黨意味著新疆是其不可侵犯的勢力範圍，不僅一九四〇年十一月與其簽訂《新蘇租借條約》是順理成章的，就是以後搞新疆獨立、加入蘇聯也是自然的事了。蔣介石雖然對此睜一隻眼閉一隻眼，內心深處卻是十分反感的。他沒有表態，只是在等待機會。

一九三四年，十三世達賴逝世，國民政府派蒙藏委員會委員長黃慕松入藏弔唁，雙方高級官員這才有正式接觸。黃慕松的使藏，無疑是對英國圖藏的一次沉重打擊。同時，西藏攝政熱振活佛積極改善噶廈同中央政府的關係，使漢藏關係日益密切。

新疆地處中國西北邊陲，辛亥革命後，雖已「歸附民國」但由於國家政局動盪，加上地理上的分離，中央政府對新疆一直鞭長莫及。

當時內地同m.hetubook.com.com西藏之間交通極不便利，内地無一條公路可通到拉薩，康定至昌都歷來僅有一條例道，卻也不暢通。而西康又掌握在四川軍閥劉文輝手中，青海的玉樹本來也是進藏的一個通道，但又被「西北王」馬步芳擁兵割據，不容外人出入。再加之這些地區多民族雜居，紛爭不已，而且氣候惡劣，山道崎嶇。即使人能通行，也是困難重重。因此那時從重慶前往拉薩只能借道印度。然而，借道印度還須得到英國駐華使館的簽證。這樣，英國方面非但能掌握中國官員出入拉薩的動態，有時甚至還藉口西藏方面不同意而作難。身為中國的政府官吏，欲去屬於中國的另一塊領土，卻不得不繞道他國而受制於人，單從這一點看，當時西藏同內地的隔絕狀況也就可想而知了。

一九四二年三月，盛世才的弟弟盛世騏被人暗殺，這一突發事件成為他轉而效忠重慶的導火線。盛世才把其弟之死的責任推到了新疆的共產黨人身上，在隨後的六個月裏，近七百人被清洗，陳潭秋和毛澤民均被殺害。

英國人對於西藏噶廈的求助立即做出了多方面的反應。首先是在外交上施加壓力。在五月二十日於美國舉行的太平洋作戰會議上，英國首相邱吉爾公然稱西藏是「獨立國家」，引起與會中國官員的憤慨。外交部長宋子文當即向邱吉爾嚴正指出，「西藏並非首相所謂獨立國家，中英間歷次所訂條約，皆承認西藏為中國主權所有。」

一九四三年秋，憂心忡忡的盛世才飛赴重慶晉見蔣介石，探詢自己的政治前程。如果在中國其他地方能任重要職位，他表示願離開新疆。為增加與蔣介石討價還價的籌碼，他指控在烏魯木齊的國民黨官員陰謀推翻省政府。一九四四年四月，他將一批國民黨人投入監獄。五月，蔣介石建議將他調到甘肅，但仍做著新疆王美夢的盛世才拒絕妥協。

一九三三年四月政變後，盛世才任新疆邊防督辦。南京中央政府試圖加強對新疆的管理，廢除督辦制，改為軍事委員會制，以限制督辦的權力。但蔣介石的這一計畫因盛世才的抵制未能實現。盛聲稱關心少數民族，卻無法緩和各民族之間的關係。盛世才在蘇聯的軍事支持下統一了新疆，公開宣布實行親蘇政策，並請蘇聯派一個加強團駐守新疆東部門戶哈密。盛世才後又兼任新疆省主席，將軍政大權集於一身，比其前任更遠離中央，更具獨立性。即便如此，新疆仍是中國的一個行政省區，在中央政府所在地派有常駐代表。

到一九四四年，國際形勢發生更大變化，中國的國際聲望日隆，蔣介石又開始重視起西藏問題來。蔣介石決定派自己信任的沈宗濂為新任駐藏辦事處處長，以求西藏地方政府完全歸順中央。

一九三七年，全面抗戰爆發，英國政府利用中國面臨日本入侵的困境，再度加緊了對西藏的擴張。一九四〇年，中央政府派吳忠信入藏主持第十四世達賴喇嘛坐床典禮，並在拉薩設立國民政府蒙藏委員會駐藏辦事處，此後英國遂派駐錫金政務長官古德前往拉薩，策動西藏地方政府中的親英分子對抗以熱振為首的愛國人士。他們攻擊熱振「引進中央勢力，定將進行政治改革，勢必剝奪貴族特殊地位及利益」，引起西藏貴族的附和，擴大了反熱振的陣營。他們甚至散佈流言，對熱振進行人身攻擊和誹謗，迫使熱振於一九四一年一月暫時離職，將攝政一職交予他的經師達扎活佛代理。達扎上臺後積極投靠英國，並對噶廈上層進行了大換班。從此，西藏同中央政府的關係急轉直下，西藏問題再次變得複雜起來。

沈宗濂雖萌退志，然以他好強之個性，仍欲作最後建樹，以陪襯他的引退，也好向南京政府有個交代。後來，在他的努力下，西藏派出代表於一九四六年春到達南京慶祝抗戰勝利，準備參加「國大」。

英國政府雖然希望把漢人的影響從西藏排斥出去，但由於同樣的原因，也無法對西藏地方政府的分離舉動在軍事或外交上予以公開聲援與幫助。

蔣介石和許多國民黨人都認為收回新疆主權的主要障礙是蘇聯，因此必須謹慎地、有步驟地進行。七月，蔣介石認定蘇聯有吞併新疆之陰謀，因而決定兩手行動：一面利用盛世才的地位和力量並加以扶持，使之逐漸中央化；一面敷衍蘇聯，遲緩其對新疆的策動並盡速加強中央在甘、青、藏邊的軍備，並派有力的中央部隊開入新疆各要點，防止突變。同時，為安撫盛世才，消除他對中央軍進疆的顧慮，蔣介石派朱紹良四度入疆，做盛世才的工作，保證不危及盛在新疆的權力和地位。