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嬴政大帝採納李斯的意見，儒家第一次碰到政治硬漢。嬴政大帝的手段是粗暴的，他下令焚毀那些使魯國國君被強迫叩頭的儒書（詩書）。超過六十天仍不焚毀的人，處以鯨刑（臉上刺字），罰做苦工。兩個人以上談論儒書的，一律處決。凡認為古代才是好的，現代都是錯的——「是古非今」的人，全家斬首。但政府圖書館收藏，供博士們研究的儒書，以及其他學派的著作，跟醫藥、卜卦、種樹的著作，不在焚毀之列。

嬴政大帝雖然尋找不死藥，卻沒有冒冒然吃到肚子裡。反而是以後那些服膺儒家學派，咒罵嬴政大帝的帝王們，不斷有人因眼下方士的不死藥而一命嗚呼。

徐福出發後就沒有消息，有人說他在大海中沉沒，全體溺死。有人說他終於找到了蓬萊仙山，即現在的日本，定居下來，現代日本人身上仍流著他們的血統。兩種傳說都有可能，但日本沿海一帶所建立的徐福廟，似乎很支持後一種說法。

嬴政大帝也有他不能超越時代的愚昧行動，中國民間有句諺語說：「當了皇帝想成仙。」其實人人都希望成仙，不過普通人無法把這種追求搞得驚天動地。嬴政大帝握有現實世界最高的權力和光榮，但他知道逃不脫死亡，除非得到神仙的幫助。方士們分hｅtｕｂｏok•ｃｏｍ.coｍ別向他推薦各種方法，向他報告各種神仙的行跡。其中最重要的一位方士，就是前面為嬴政大帝所提到的徐福。徐福告訴嬴政大帝說，在東方大海之上，有一座名叫蓬萊的仙山，那是神仙居住的地方，如果能找到那座仙山，就可從神仙手中取得長生不死的仙藥。嬴政大帝答應他的請求，命他前往。紀元前二一九年，徐福率領童男童女三千人，乘坐特別製造的巨舶向東方大海進發，三千童男童女可能是用來作為祭品的，也可能徐福一開始就蓄意一去不返，用他們去開闢新的疆土。

著名的嬴政震撼，也發生在八〇年代，他採用暴力手段來對付儒家學派的崇古思想。

嬴政大帝喜歡出巡，他的足跡幾乎遍於中國各地著名的山川。每次出巡，當然有一個龐大而威風凜凜的隨從行列，博士也在其中。每到一處，嬴政大帝一定要建立石碑作為紀念。石碑上誇耀他征服六國，統一世界的豐功偉業。這正是儒家的拿手，著名的於紀元前二一九年立在泰山頂上的頌德碑，就是儒家學派的博士跟故魯國的儒家學派的學者（儒生）的傑作，嬴政大帝十分高興。

於是儒家學派認為機會已到，遂進一步做了一件自信嬴政大帝一定會龍心大悅的事，那和*圖*書就是他們建議嬴政大帝分封他的兒子們到各地當國王。紀元前二一三年，博士淳於越正式上書給嬴政大帝說：「從前商周兩個王朝，立國都近千年（按，這是文化打手式的信口開河，事實上商王朝立國只有六百六十二年，周王國連洛陽那種賣九鼎的日子包括在內，不過八百七十九年，距千年都遠得很），主要原因在於分封兒子兄弟，作為枝葉。現在陛下雖富有世界，可是你的兒子們卻跟平民一樣，一旦發生危險，便沒有人相救。凡事不效法古人，而能長久的，從沒有聽說過。」

嬴政大帝雖然焚毀儒書，目的只在限制崇古思想的傳播，對儒家學者，仍繼續保留他們的職位，而且繼續鼓勵他們研究。可是，焚書事件的明年（前二一二），又發生方士事件，激起嬴政大帝採取流血的鎮壓政策。兩位因法術不靈，唯恐怕被砍頭的道家方士侯生、盧生，悄悄逃走。在逃走時宣傳說：「嬴政這個人，天生凶惡，只信任他手下的官吏，博士雖然有七十餘人，不過吃吃閒飯，受不到重視。他又喜歡殺人，拒絕聽自己的過失。方士們的法術偶爾不能應驗，就被處死。他只知道煉仙丹、求仙藥。沒有人會這麼傻，把長生不死的丹藥送給他。」嬴政大帝聽到後，咆哮起ｈetuｂoｏk.ｃｏm.ｃoｍ來：「我聘請這麼多知識份子，目的在促進永久的和平。他們中間有人建議說可以煉仙丹求仙藥，像徐福者流，浪費了無數金錢，結果什麼都得不到。而各人之間，你攻擊我，我攻擊你，不停地互相傾害告密。侯生、盧生，我非常尊重他們，想不到卻把罪過全推到我一個人身上，用這種荒唐的話誹謗我。」於是下令把首都咸陽（陝西咸陽）所有的高級知識份子都逮捕起來，調查他們平日有沒有諷刺皇帝的言論。調查結果，罪狀確鑿的有四百六十人，給他們的處罰是全部坑殺，像長平戰役對付那些趙王國的降卒一樣。四百六十人中，依情勢判斷，應該全體都是道家的方士，但鑒於崇古也是一種罪狀，恐怕不可避免的也包括了不少儒家學者。

於是，實際上只有儒、法兩家在對抗，兩家的學者都渴望得到君主們的垂青，法家學派的方法是向君主分析利害，提出具體方案，使君主們悚然戒懼，不得不賦予權力。儒家學派是拒絕談利害的，他們只談仁義，只對君主歌頌功德，使君主們在非常舒服的精神狀態中，任用他們擔任官職。大黃金時代是法家學派當權的時代，在各國從事生死存亡的鬥爭中，儒家學派自然被排除於權力之門，不過這並不能使儒家學派和-圖-書灰心。

——以上兩項被稱為「焚書坑儒」的事件，使儒家學派把嬴政大帝恨入骨髓。在此後兩千年儒家學派當權的漫長期間，一提起嬴政大帝，就破口大罵，把字典上所有惡劣的字句像炭火一樣的堆到他頭上。

嬴政大帝在九卿之一的「奉常」（祭祀部長）之下，設立數目不定的「博士」官員（祭祀部兼管教育）。當時的博士跟現代的博士不同，當時的博士是國家最高的學術研究員，他們有優厚的薪水，地位僅次於祭祀部長，可以經常覲見皇帝，而皇帝也經常召見他們。秦政府的博士，包括各學派的門徒和學者。事實上只不過以法、儒、道三家為主，道家所以也被延攬，因為這時候道家已開始發展出來一個新的支派，這個支派跟陰陽家結合，高舉著李耳、莊周的招牌，捏造出姬軒轅也是他們的祖師爺之一，從事跟道家思想風馬牛不相關的兩件大的行動：一是他們宣稱能夠用火爐煉出使人吃了可以永遠不死的仙丹；一是他們宣稱能夠用同樣方法煉出黃金。言之確鑿的不死藥或長生藥跟煉金術，足以打動任何人的心弦。這個新的支派，在本世紀（前三）和下世紀（前二），被稱為「方土」，即是一種高級巫師，以後發生的道教，淵源於此。

然而，這是對秦王朝那種眼睛只看未來m•hetubｏｏk•ｃoｍ.ｃｏm的立國精神的挑戰，宰相李斯反駁說：「五帝的制度不相重複，三代的制度不相抄襲。各自使用各自的制度，並不是故意反古，而是時代前進，不得不如此。陛下創立大業，所建立的是萬世功勳，儒家學者愚陋，對此新的局面，不能領略。淳於越所說的是兩千年前三代時代原始社會的事，怎麼能夠效法？儒家學者不向時代學習，只一心一意崇拜古人，用虛偽的言語打擊真實。見到新興事物，先議論紛紛。堅持現在的制度都沒有古代好，擾亂民心。」

——注意最後三句話，它表現出儒家學派的中心思想。

這是儒家學派所受到最大一次打擊，但仍准許博士們研究，所以影響不大。大的影響發生於稍後的九〇年代，粗野的項羽攻進咸陽後，縱火燒城，政府所保存的圖書，包括儒家的以及其他學派的很多著作，才永久喪失。

澎湃的學術思潮中的四大學派：儒、墨、道、法，發展到本世紀（前三），道家本身沒有組織，從不跟人競爭。墨家也告沒落，沒落的原因不是它的理想不好，恰恰相反，而是因為它的理想太好，要求太高；以致必須有一種殉道的極端宗教感情，才可以勝任，這不是每個人都辦得到的，不久就發生後繼無人的枯竭現象，逐漸在人群中消失，只留下使人敬仰的學說，供人研究。