本書與《劍網塵絲》為上下集，於1976年09月01日至1980年01月26日期間在香港「大公報」先後連載。

書以「幻劍靈旗」命名，是指西域崑崙山武學世家主人上官雲龍，得到西域十三家門派的擁戴，奉他為宗主。西域武林中人，都知道有這樣四句話：「崑崙山上，幻劍靈旗。不奉靈旗，幻劍誅之。」幻劍招式奇詭，「劍是幻劍，幻劍非劍」，是上官世家的獨門劍法，靈旗則指統領西域十三家門派的信物，代表權力。

《劍網塵絲》雖以衛天元獨闖「中州大俠」徐中嶽續弦婚宴起，說到他如何追尋當年父親被害真相。然該書稍後卻集中描寫齊勒銘的情仇，於書末作一了結。

《幻劍靈旗》主線又回到衛天元身上，寫他在江湖上如何了結恩仇，與清廷御林軍將領穆志遙及白駝山邪派中人對抗。白駝山主與穆志遙勾結，暗中挑動上官雲龍與齊勒銘父親齊燕然決鬥，希望他們兩敗俱傷。白駝山主又欲稱霸西域，以利引誘西域十三家門派叛離，又得到上官雲龍的結拜兄弟蓋覆天為內應。

感情上又寫他與竹馬青梅愛侶姜雪君，及崑崙山著名武學世家上官雲龍愛女上官飛鳳的三角感情故事。衛天元的愛情故事與年青時的齊勒銘相似，都是戀上「妖女」，並不容於家庭世俗，兩者有如一面鏡子。

上官飛鳳深愛衛天元，可是衛天元卻鍾情於姜雪君，他的師妹齊漱玉卻又單戀衛天元。上官飛鳳為求達到目的，設局意欲獨佔衛天元：安排齊漱玉與楚天舒相處，希望他們能日久生情；又安排姜雪君詐死，以斷絕衛天元的思念。另外更對心如枯木的衛天元多加憐惜、多加鼓勵，衛天元終於從情感的低谷步出，並向上官飛鳳求親，兩人私訂終身。上官飛鳳圖謀得遂，可是兩人結合，並不容於武林，不少人或明或暗予以破壞。衛天元在偶然間，竟然發覺姜雪君未死，他更得知原來這一切都是上官飛鳳一手安排……