約翰．克拉克，這位前海豹部隊隊員、密勤局幹員，一向都是雷恩故事中的重要角色。他擁有許多與傑克．雷恩相同的動人特質，但也同時擁有九○年代後期人類所慣有的偏執；他篤信暴力可以解決一切，認為武力是嚇阻恐怖主義的最佳手段。

在《虹彩六號》當中，約翰．克拉克已成為故事的主人翁；他有鑑於在冷戰結束後仍有許多恐怖份子繼續在世界各地活動，因此向雷恩總統提議成立一支反恐怖活動的部隊，以期掃除世界上所有的恐怖主義。這個提議很快就獲得總統的同意，並任命克拉克為這支部隊的總指揮。

於是，一支由美國中情局人員，結合英、法、德菁英所組成的特種部隊便從而誕生，並取名為「虹彩」，而克拉克就是最高指揮官「虹彩六號」。就在這支精銳部隊剛剛成立之際，世界上恰巧發生了接二連三的恐怖事件，正好給了「虹彩」部隊展露頭角的機會。

這一連串的事件雖然看似各自獨立，但發生時機的湊巧卻引起克拉克的重視，尤其是當俄國當局開始針對虹彩部隊進行調查之後，更令克拉克懷疑這些恐怖行動是否與俄國有關？ 然而，就在虹彩部隊與恐怖份子對峙之際，更大的危機卻正一步步逼進，而且一旦爆發，將把人類推向滅亡之路……

湯姆．克蘭西藉由虹彩部隊、前蘇聯國安會幹員、雪梨奧運，以及一群對環境保護環有激進思想的美國科學家的敘述，進而巧妙地揭露整個故事的中心主題——濕婆病毒的秘密。全書充滿許多在混密通信、傳送和解密方面的最新科技發明，其逼真之程度，令各國政府都大感震驚，而且都不敢承認他寫的是確有其事。