田所雄介博士是一位地球物理學家。他直覺地認為，根據地震的觀測數據，日本列島將會有災害發生，於是他便展開了調查。他與小野寺俊夫及助手幸長信彥助理教授一同乘坐潛水艇到達伊豆沖海底，發現海底出現異常的龜裂與亂泥流。田所繼續收集到的收據令他確信將會有災難發生，並得出唯一的一個結論。那就是「日本列島歷來最壞的情況——1年內的地殼變動導致大部分的陸地下沉到海中」了。

起初政府對這個結論抱著半信半疑的態度，後來猶豫了一段時間之後，便計畫發動「D計畫」——一個將日本國民及資產轉移到海外的方案。然而事態的發展正在以大大超出當初田所所估計的速度進行中。

各地相繼發生巨大的地震。幾乎停止了活動的休眠火山開始活躍起來。在已經被撕裂成碎塊的日本列島中，D計畫被拚命地推展……