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康熙親政後，對這樁學術公案採取了謹慎而科學的態度。因楊光先靠政治訐告做了欽天監一把手，但他不能勝任天文數學的研究和實測。後來用比利時人南懷仁治理曆法。南懷仁藉地震的機會，奏稱楊光先等在曆法、測驗方面的錯誤。康熙曾多次召楊光先與南懷仁到宮中當眾測驗，結果每次都證明南懷仁測算正確，而楊光先並不會計算。康熙八年（一六六九年），十六歲的康熙皇帝以「曆法精微，難以遽定」，命大學士圖海等二十人會同欽天監官員，赴觀象台共同測驗。屆時，大學士、尚m.ｈｅtｕbｏｏｋ.ｃｏm•com書及其他官員等，聚集一處，當場測驗。結果，南懷仁所測都應驗，楊光先等所言都不應驗。他們做的其他驗證也表明：南懷仁的正確，楊光先的錯誤。最後，議政王等議：推倒楊光先誣告湯若望案，楊光先斬首，為湯若望及同案死者平反。康熙寬弘仁厚，命對楊光先奪其官、免其死、遣回原籍（楊死於返鄉途中）。

湯若望，耶穌會士，德國人，萬曆四十七年（一六一九年）來華。這一年恰好發生薩爾滸大戰。他先到澳門，後入廣州，再到北京https://www.hetubook.com.com。崇禎時，創設曆局，修訂曆法，湯若望任事，與中國官員共同編成《崇禎曆書》，設館在今北京宣內南堂地方。清命湯若望掌管欽天監事，參與修正曆法。新曆法稱《時憲曆》，頒行天下。湯若望同順治的關係，在上文已經探討過。順治病危時，議立嗣君。福臨因皇子年齡太小，想立皇弟；皇太后的意思是立皇三子、八歲的玄燁，徵詢湯若望的意見。湯若望以玄燁出過天花可終生免疫，支持皇太后的意見。順治就一言而定玄燁繼承皇位。順治死後，湯和_圖_書若望在康熙初年被抓進監獄，原因是受了楊光先的誣告。

楊光先，安徽歙縣人，為人粗暴，好爭鬥。崇禎時來到京師，抬著棺材到闕下，上疏彈劾大學士溫體仁，被稱為奇人。後遭廷杖，謫戍遼西。明亡後，回江南，後又旅居京師。他不懂天文曆法，卻自認為是一位天算學家。順治時上書，指責《時憲曆》封面不當題「依西洋新法」五個字，攻擊湯若望。當時順治帝對湯若望非常崇信，禮部不予受理。康熙三年（一六六四年），楊光先再次誣告湯若望，一面上書朝廷，一面散發傳單。其中楊光先指責湯hｅtｕbｏｏｋ•ｃom.ｃｏｍ若望的《時憲曆》只編二百年，大清皇朝萬萬年，這豈不是讓大清短祚嗎！這是一場保守派對維新派，愚昧文化對科學文化之爭。這時湯若望患病，行動不便，無力爭辯。可憐的湯若望身患重病，昏迷恍惚，戴著九條鎖鏈，躺在小木床上，仍手舉望遠鏡觀測日蝕。康熙四年（一六六五年）三月，輔政大臣鰲拜等支持楊光先，定湯若望死罪，欽天監五位部門負責官員被處死，廢棄《時憲曆》。孝莊太皇太后認為對湯若望處分過重，經兩次覆議，湯若望免死下獄。但也恢復了舊曆法，廢除了《時憲曆》。楊光先則先和*圖*書升為欽天監副，又升為欽天監正。第二年七月，湯若望死於寓所。

自明朝後期始，西方耶穌會士陸續來到中國。他們一面傳教，一面傳授西方科學知識。明末的大學士徐光啟等，從傳教士學習西方科學知識，翻譯西方科學著作。在康熙朝有一批外籍教師，如比利時人南懷仁、葡萄牙人徐日昇、法國人張誠和白晉等，其中以湯若望和南懷仁最為著名。

康熙不論對傳統文化還是西學，不論對中國人還是對外國傳教士，都沒有偏見。他的這種對待各種文化、不同種族的平等心態，來自於其海納百川的博大胸懷和追求真理的科學態度。