八國聯軍落幕、兩宮回鑾後一年，軍機大臣之首榮祿因病辭世，宮中頓時內鬥不斷。善用權術的袁世凱暗中輔助慶王奕劻討好慈禧，順利接掌軍機處，而袁世凱也因此穩操大權。

光緒三十年，日俄在中國東北開戰。此時慈禧已年逾七旬，卻仍心繫政權，眼見東北戰事吃緊，且袁世凱聲勢日益壯大，慈禧轉而動念支持立憲，企圖穩定內政，並一舉消除袁氏擁兵自重的危機。

另一方面，光緒皇帝因病重至瀛臺安養，慈禧有感於光緒已回天乏術，而她自己也命在旦夕，因此積極佈局，屬意由年幼的溥儀繼承皇位，而這也預告了慈禧太后女主專政四十年的時代即將落幕……

光緒二十四年，皇帝下詔『定國是』，決議變法維新，一時之間新政展佈，新黨氣勢愈盛。但是慈禧怎能容忍自己大權旁落，因此假袁世凱之手先發制人，使得康有為出逃、譚嗣同等人被殺，新政一敗塗地，慈禧重新奪回大權！

面對洋人處處進逼，皇帝蠢蠢欲動，慈禧聽信載漪、徐桐建言，縱容義和團進京，卻闖下幾近滅國的大禍！聯軍不但破城，甚至要深入大內，倉皇之間，慈禧只有帝后出亡的一條路！

但是慈禧立刻又想到珍妃的那張紙條，皇帝會不會乘機重振乾綱，挺身出來問事？看來，只有將珍妃扔入井中，才能去除她的心頭大患……

隨著光緒皇帝年紀漸長，慈禧開始考慮撤簾歸政。然而她為了大修三海及頤和園，備妥未來頤養之處，竟然不惜挪用海軍經費，甚至要李鴻章向國外借款！使得清廷原已窘迫的財政更形拮据，為日後國力衰敗種下了遠因。

光緒十三年，十七歲的光緒皇帝終於親政。雖然他力圖振作朝網，但是慈禧實際上仍大權在握，皇帝有名無實，母子之間漸生齟齬。

光緒大婚後，美貌機敏的珍嬪備受寵愛，卻因此遭忌。慈禧聽信太監李蓮英的讒言，以為珍嬪從中遊說皇上爭權，勃然大怒！在這暗潮洶湧的宮廷內，一場『母子』之間的風暴儼然將至……

同治皇帝崩逝後，兩宮太后再度垂簾聽政。東宮太后慈安的個性溫順，不與人爭，然而慈禧在暗地裡仍視她為眼中釘。某日，原本只是小傷風的慈安在吃了慈禧送來的點心之後，驟然病逝！此後，慈禧更順理成章地獨攬朝政。然而慈安太后的死因，不免啟人疑竇……

繼俄國擾境之後，法國也屢屢進逼越南，中法糾紛四起。慈禧面對法國的挑釁，一心主戰，然而軍機要臣恭王卻主張以和為重，兩人從此有了嫌隙。於是慈禧另指派醇王參政，最後更進一步罷黜了恭王。

慈安暴崩，恭王被黜，慈禧從此再無忌憚，她要趁皇帝親政前，好好掌握這分大權……

兩宮太后聽政以來，溫厚的慈安事事交給慈禧決定，軍機大臣對慈禧的果決明理也不得不心悅誠服。

同治三年，曾國藩平定江寧之亂，立下大功，接著劉銘傳、李鴻章、左宗棠也剿撫捻匪，表面上大清朝似乎國運昌隆，事實上對外割地賠款，對內則爭鬥不斷。

憂心忡忡的慈禧除了日理萬機，還得控制想奪回實權的皇帝，她跟前的第一紅人太監安德海則樂得趁機興風作浪！但天命難測，一心要伸展鴻圖大志的皇帝竟得天花猝死，皇后也跟著香消玉殞，原因不明。宮闈內幕永遠成為秘密，恐怕只有坐在珠簾後的慈禧瞭然於胸……

清咸豐十一年，文宗在熱河駕崩，長子載淳繼位為同治皇帝。因皇帝年幼，文宗派八位顧命大臣輔佐幼主，而這位幼主的母親就是中國近代史上最具影響力的──慈禧太后！

早在初入宮做貴人、後被封為懿貴妃時，她就野心勃勃，時時想效法武則天！如今被奉為『聖母皇太后』的她，當然不會讓大權旁落大臣的手中，於是決定與文宗最嫉恨的弟弟恭親王奕訢發動政變！

下一步，慈禧當然就是想方設法改變祖宗成法，讓自己統領全中國！為了要做女中的漢武帝、唐太宗，成為獨一無二、空前絕後的聖后，她沒有不敢做的事……