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同年十一月二十三日，下令罷免了三條中納言藤原朝方等公卿、殿上人四十九人的官職，並且給予監禁。這與平氏掌權時罷免四十三人的官職相比，更加專橫霸道。

同年十二月十日，法皇離開五條的行宮移居到大膳大夫成忠的邸宅、六條的西洞院。同月十三日在宮中照例舉行歲末佛事，然後敘官論爵，確定任免事宜。一切均按木曾的意思，安排了各人的官職。這時，平家在西國，兵衛佐在東國，木曾本人則在京師擴張他的勢力範圍。這正好像西漢東漢期間，王莽篡取天下掌政一十八年的情形一樣。四方的關卡一律禁止通行，交給朝廷的租稅無法輸納，給私人的年貢也無法進京，京中上下人等都如同沒水的魚，苟延殘喘，勉強度日。就在這危難之中迎來了壽永三年。

第二天為二十日，木曾左馬頭站在六條河原上，叫人清點昨天被砍下來的首級，總共六百三十個。比睿山天台座主明雲大僧正、三井寺的住持圓慶法親王的首級也掛在那裡，見者無不流淚。木曾率軍七千餘騎策馬向東，出發時連發三次吶喊，有如驚天動地一般。都城之內頓時起了一陣喧嚷之聲，但聽上去像是高興的歡呼聲。

卻說木曾如此不知天高地厚，鐮倉的前兵衛佐源賴朝頗為惱怒，竟欲興兵痛加討伐，便通知舍弟蒲冠者范賴和九郎冠者義經向京都進攻。但范賴和義經聽說木曾燒了法住寺，拘執了法皇，弄得到處烏煙障氣，便商議說：「這樣輕率地攻打京師有點不妥，先到鐮倉詳細報告之後再採取行動。」二人行至尾張國熱田大宮司處，恰好宮內判官公朝和藤內左衛門時成為報知京中情況從都城飛奔來此，於是便將木曾種種惡行詳細訴說。義經聽完說道：「這些情況，宮內判官應當親自去向鐮倉報告，若是不知詳情的使者前往，鐮倉公仔細詢問起來，恐怕就很難說明白了。」於是公朝便繼續驅車，奔往鐮倉去了。僕役下人因害怕打仗全都逃散了，只有十五歲的嫡子宮內所公茂陪他同行。來到鐮倉向兵衛佐賴朝細述原委之後，兵衛佐大驚道：「鼓判官知康行動失當，導致法皇宮被焚，高僧名僧遇害，真是可恨。知康已屬違誤詔旨的人，如再繼續任用，恐怕還會出大亂子。」言畢立即派出使者前往京師。那鼓判官為解釋失誤的理由，晝夜兼程飛奔鐮倉而來。兵衛佐只是冷淡地說：「這個蠢才我不見，沒什麼好說的。」知康連日到兵衛佐的府邸求見，終未相見，體面全失，返回京都去了。後來聽說他隱居在稻荷神社附近，苟延殘命。https://www.hetubook.com.com和圖書

在法皇方面擔負警衛的近江守仲兼，共有五十餘騎，當他正守衛在法住寺西門之時，近江源氏山本冠者義高飛馬前來稟告說：「我們在這裡交戰是為保衛誰呢！法皇、天皇，都已移駕到別處去了。」仲兼說道：「那麼好吧。」便發出吶喊衝入包圍的敵軍之中，展開了激戰，終於突破重圍跑了出去。他們主從一共只有八騎。其中有一個屬於河內國草香族黨、名叫加賀坊的武僧，騎著一匹性情極其暴躁的花白色戰馬。他抱怨說：「這匹馬性情暴躁，不聽使喚。」仲兼說：「既然如此，換騎我的馬吧！」於是便把自己的栗色白尾馬換給加賀坊。他們主從八騎朝著防守在河原阪的根井小野太所率二百餘騎敵軍，吶喊著衝殺過去，片刻就被守軍射死了五騎，只剩下主從三騎。加賀坊雖然換騎了主公的馬，最後還是戰死了。

木曾召集一族部曲商議道：「義仲已經戰勝了一天之主，到底是當天皇好，還是當法皇好？若當天皇，得梳個童子髮，若當法皇，得剃個和尚頭，模樣都很難看。我看就當個關白吧！」這時，軍中秘書大夫坊覺明說道：「關白歷來是由大織冠的後裔、藤原家的子孫擔當的。您是源氏一脈，有所不妥當吧！」「那就無法了。」於是便自封為法皇廄舍別當，把丹波國作為自己的領地。他既不知上皇因為出家才稱為法皇，也不知天皇尚未成年所以梳著童子髮，未免太無知了。他還要娶前關白藤原基房的女兒，過不多久真的強扭著當上了藤原公的女婿。hetubook.com.com

故少納言入道信西的兒子、宰相長教，來到法皇在五條的皇居，向警衛說道：「我有要緊的事啟奏，請給通稟一下。」武士不理。他毫無辦法，便進入一戶人家，立刻剃除頭髮，換上黑色僧衣，扮成僧侶模樣，再次上前說道：「這樣行了吧，請讓我進去。」這回就讓他進去了。長教來到法皇面前，把這次戰亂中遇害的重要人物一一稟報給法皇。法皇不禁流淚說：「明雲死於非命，真是意想不到。這次和圖書騷亂，我本該一命歸天，卻反倒活了下來！」說完仍是淚流不止。

木曾左馬頭向平氏方面派出使者，說道：「速來京師，共謀討伐東國。」內大臣很是興奮，但大納言平時忠、新納言平知盛認為：「即使當此末世，與義仲相結締返回京都，也是不妥之舉。聖明帝王帶著三種神器在這裡，應即詔令他卸甲馳弓，前來投降。」這樣給予答覆，木曾當然不肯接受。松殿入道公叫木曾來到自己的府邸說：「清盛公雖然作惡無數，卻也做了不少稀世難得的善行，維持天下二十餘年的安寧。只做惡不行善是不能持久的，你罷免的那些官爵，應該統統讓他們復職。」木曾雖是一介草莽武夫，這回倒聽從勸告，給那些罷了官的全都恢復了官職。松殿入道公的兒子師家，當時是中納言中將，在木曾主政下晉陞為大臣攝政。這時恰好大臣沒有空位，便把德大寺左大將實定公內大臣的職位借撥給師家，讓他當了內大臣。因此世人都稱新攝政公為「借用大和*圖*書臣」。

源藏人仲兼的一族有個名叫信濃次郎藏人仲賴的，因被敵軍包圍，不知仲兼的去向，他看到栗色白尾馬便招呼僕人說：「這馬是藏人仲兼的馬，看來已經陣亡了，我們立過同生死的盟約，不能死在一塊太遺憾了，他是朝哪個陣地衝進去的呢？」答曰：「是衝進河原阪的陣地去了，剛才還看到他的馬從那裡衝出來。」「那麼你趕快回去，把我們臨死的情況跟家鄉人說。」言罷，單身一人策馬向前，高聲喊道：「俺是敦實親王九代苗裔、信濃守仲重的次子、信濃次郎藏人仲賴，生年二十七歲，有種的過來，跟俺決一死戰。」說完，四面八方，縱橫馳騁，東殺西砍，殺死不少敵人，最後也終因寡不敵眾，戰死疆場。藏人仲兼做夢也不會想到這件事。他同哥哥河內守，還有一個從卒，主從三人向南逃去。行至木幡山，恰巧趕上因害怕戰亂拋離京都，奔向宇治的攝政公藤原基通。攝政公認為他們是木曾的餘黨，停住御車，問道：「來者何人？」答說：「仲兼，仲信。」「這是怎麼回事，還以為是北國的兇徒呢。你們來得正好，就在我身邊做防衛吧。」他們恭恭敬敬地接受了命令，把他護送到宇治的故里，然後就奔往河內國去了。