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以上四艇編成一支潛艇部隊，由海軍中佐有住指揮，並在日本內海進行了一些局部性的試驗。這些潛艇的使命是轟炸巴拿馬運河。由於裝備潛艇的飛機尚未製成，因此還不可能操練飛機從艇上起飛的科目。一直到1945年4月底，操練才開始。操練過程中，發生了不少事故。例如：「伊－401號」觸雷爆炸，使得該隊出航延期。但作戰計劃已經擬成。

編入「神武」隊的「伊－47號」和「伊－36號」，分別於4月12日和20日離開基地，首次實施對運動目標的攻擊。兩艇共攜帶了十二條有人魚雷，發射八條，每條魚雷攻了一艘運輸船或驅逐艦。為了操練對運動艦艇的攻擊，射擊兩三次是不夠的。要掌握這種攻擊方法，至少要進行六次練習性的射擊。

「伊－36號」在巡邏時遭到敵人的猛烈攻擊，但仍僥倖地回來。該艇於6月6日離開基地，駛往馬里亞納群島海域。航行中，發現艇上的和_圖_書六條有人魚雷都有故障。經艇員努力，修好了其中的三條。在塞班島海域，該艇發現了一艘商船，即對它發射了一條有人魚雷；但商船很警覺，閃避了魚雷的攻擊。「伊－36號」追擊了一個半小時，但突然在九百米不到的距離上方發現了一艘驅逐艦。艇長急忙降下了潛望鏡，這時在艇上方已經有兩顆深水炸彈爆炸，潛艇的舵機受損。半小時後，驅逐艦又返回潛艇所在點，繼續攻擊，並有四次從潛艇上面經過。「回天」駕駛員請求把他們發射出去。艇長隨即下達了發射的命令，但這時魚雷舵機的電力傳動裝置發生故障，而且駕駛員與艇內通信也中斷了，於是艇長取消了發射的命令。這時又駛來了一艘驅逐艦，加入了對潛艇的攻擊。這一情況可能使魚雷安全失去作用，因此艇長把兩條魚雷射出艇外。20分鐘後，傳來一聲巨響，又一串深水炸彈爆炸了。為了閃避攻擊，hetubook.com.com潛艇下潛到更深的地方。在水下逗留了兩天之後，潛艇終於浮出水面。電池的電能已經用完，高壓氣只夠一次浮起之用。儘管如此，潛艇仍在6月30日回到了吳港。

早在1942年就決定建造十八艘大型潛艇，每艘攜帶三架魚雷轟炸機。據說，裝備這些潛艇的魚雷轟炸機的試驗，已經接近完成。但是，當這些潛艇還在建造時，戰爭形勢卻繼續惡化。1944年12月，這一型的第一艘潛艇——「伊－400號」建成了。到1945年1月，「伊－401號」也快要建成。此外，「伊－13號」和「伊－14號」進行了改裝，每艇能攜帶兩架飛機，改裝工作分別在1945年1月、2月結束。

這時，形勢繼續惡化。日本本土經常遭到猛烈的轟炸，這是敵人準備登陸的預兆。美國潛艇在日本海攻擊了我們的「伊－322號」潛艇。過了不久，我們連一個安全的訓練區也找不到了。和_圖_書在這種情況下，根本顧不上襲擊遙遠的巴拿運河了。由於迫切需要派遣潛艇去攻擊烏利西群島和託管群島附近錨地上的敵航空母艦，決定派「伊－14號」和「伊－13號」前往吐魯克，用艇上的飛機對烏利西群島海域進行空中偵察。兩艇各帶兩架最新式的「綾雲」式偵察飛機。

攜帶有人魚雷在硫磺島海域實施攻擊的五艘潛艇，有兩艘沒有回來。參加沖繩島戰役的四艘潛艇，也有兩艘遭到相同的命運。至於那些安全回來的潛艇，則連一條有人魚雷也沒有射出。實際上，用這種方法去攻擊敵人的防禦嚴密的錨地也是無效的。因此，有必要攻擊敵人運動艦艇，即攻擊航行的敵艦。為此，攜帶有人魚雷的潛艇進行了改裝，使潛艇上的有人魚雷的數量也增加了。

6月15日，兩艇從大湊出航，第二早上，「伊－13號」被一架美國航空母艦航空兵飛機擊沉。「伊－14號」安全到達吐魯克。隨後「伊－400ｈｔtps://m•hｅtｕｂook.ｃｏｍ•cｏｍ號」和「伊－401號」也派往該地。襲擊巴拿馬運河的計劃作了修改。「伊－400號」和「伊－401號」首先襲擊烏利西群島，然後收回飛機駛往巴拿馬運河地區。

「伊－400」式潛艇的作戰半徑是四萬海里。艇上的燃油儲備，足夠往返巴拿馬之用，並有一些剩餘。改裝的「伊－13」式潛艇的作戰半徑較小，因此它必須在中途從「伊－400」式潛艇上補充燃油。兩式潛艇都應攜帶四個月的口糧。四艘潛艇總共能運載十架飛機，其中六架攜帶魚雷，四架攜帶炸彈。作戰計劃規定對運河某一處閘門實施兩次突擊，以達到將其安全摧毀的目的。為了操演這一科目，製成了運河閘門的模型，多次進行了投彈訓練。6月底，飛機逐架進行了單機練習，有兩架飛機在練習時墜毀。

5月5日，「伊－367號」帶著五條有人魚雷離開了基地，該艇在沖繩島以東海面，用兩條有人魚雷擊沉了兩艘敵艦，敵艦的和*圖*書艦種沒有查明。

1946年，「伊－400號」和「伊－401號」被美國人送到美國。這一式的第三艘——「伊－402號」，在戰爭即將結束時建成。在建造過程中，它已改裝為燃油運輸潛艇。

對烏利西的襲擊，計劃在8月25日實施。「伊－400號」和「伊－401號」在8月初從吐魯克出航執行這一任務，但是8月16日戰爭就結束了。這兩艘排水量為三千五百噸的潛艇並沒有取得任何戰果，它們是世界上最大的潛艇。三年的計劃和設計都白費了！這支潛艇部隊的指揮官有住海軍中佐，也於1945年8月底，在到達橫須賀之前自殺身死了。

「伊－361號」於5月23日－6月15日期間，在沖繩島海域巡邏，不知所終。「伊－363號」奉命在沖繩島與烏利西島之間的交通線上攻擊敵人的艦船，但沒有找到目標；它連一條有人魚雷也沒有發射，就返回基地了。「伊－165號」駛往馬里亞納群島海域，不知所終。