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富樫軍和高田門徒燒燬吉崎御坊，北陸本願寺門徒只得投靠上述的瑞泉寺。瑞泉寺是本願寺分寺，整個越中均為其地盤，院主是蓮如的次男蓮乘。因加賀本願寺門徒陸續湧進，當地掌權者遂與富樫聯手打算攻打瑞泉寺；而位於加賀、越中境界的天台宗巨剎惣海寺，也因眾多分寺均改宗為淨土真宗，早就嫉恨得咬牙切齒，於是趁機插一腳。

淨土宗教義很簡單，主張五濁惡世的眾生難以自力解脫，若乘佛的願力，一心持念阿彌陀佛名號，死時便能往生西方極樂世界，不再輪迴。信徒的主要修行方法為念佛，以往生極樂世界為目的，這正是「他力本願」。親鸞還強調「惡人正機」，意思是被其他神佛拋棄的惡人也是救濟對象之一。此處的「惡人」並非吾等凡夫俗子以現代一般常識所判斷的善惡，而是神佛眼中的善人、惡人。

離開吉崎的蓮如始終在近畿地區傳教，從未再返回北陸。只是北陸地區的本願寺門徒卻因失去蓮如這個煞車片，逐漸往大規模的「一向一揆」前進。

瑞泉寺得知消息後，召集四周的農民信徒，包括五箇山（世界遺產合掌集落）農民，總計約五千名；加賀本泉寺（石川縣金澤市）也召集了二千名信徒趕來助陣。結果瑞泉寺旗開得勝，實質掌握了政、教權勢。

聚集在吉崎的信徒不計其數，但信徒中夾雜當地土豪和武將，另有經營信徒道場兼宿舍的商業組織https://www.hetubook.com.com，這些半吊子信徒常倚仗蓮如的權勢做出反體制破壞行為。蓮如一而再再而三勸誡，然而信徒屢勸不聽，導致蓮如曾一度隱遁越前，只是最終仍抵不過信徒強力懇求，再度回吉崎。

「一向宗」是其他佛教流派對本願寺信徒的別稱，並非蓮如自創。蓮如在寫給信徒的法語中便說明：「我們可以不理會其他流派稱呼我們是一向宗，但自己人不能自稱一向宗……我們是淨土真宗，簡稱真宗……自稱一向宗的人絕非我們門下信徒。」

淨土真宗跟其他佛教宗派的最大差異是僧侶可以肉食並娶妻生子。日本直至明治時代，僧侶不須持戒的佛教宗派只有淨土真宗，畢竟「他力本願」的目的是普濟眾生，總不能讓所有人都剃髮出家吃素。

親鸞過世後，曾孫覺如（一二七〇～一三五一）雖然建造了京都西本願寺，但直至蓮如（一四一五～九九）登場之前，教團勢力始終非常薄弱。

收到謊報的主戰門徒於六月再度發起暴動，依舊被富樫鎮壓了。心痛不已的蓮如不僅開除了蓮崇，並決定同長男順如（一四四二～八三，比父親蓮如早逝，第九代宗主由四弟實如繼位）離開吉崎。據說八月二十一日早上，蓮如父子搭船欲離開吉崎時，蓮崇也躲在船上，結果被順如發現，把他推出船外。啟航後，蓮崇一直趴在海岸哭泣，直至看不見船影。和圖書二十四年後，蓮如臨終時才原諒了蓮崇。

蓮如四十三歲時成為第八代宗主，是親鸞的十世孫，亦是淨土真宗中興之主。當時的本願寺已奄奄一息，隨時都可能關門大吉，蓮如登上宗主位子後，大膽進行改革，把教義簡化為「只要口誦南無阿彌陀佛，任何人均可往生極樂淨土」。他又設立說法結社組織，開放門戶提供場地讓一般群眾自由參加法會，這對弱勢族群來說是一種精神救濟，於是信徒便如小雪球越滾越大。

親鸞不設立寺院，只在全國各地開設簡陋道場講經說法，主要經典是《佛說無量壽經》，尤以阿彌陀佛四十八願中的第十八願為重：「設我得佛，十方眾生，至心信樂，欲生我國，乃至十念，若不生者，不取正覺。唯除五逆，誹謗正法。」

當時京都朝廷與幕府都稱高尾城的一揆為「土一揆」，亦即以農民為中心的起義，而且此次的一揆大將是富樫政親的伯祖父。自此以後，加賀便成為由僧侶、豪族、農民代表組成的自治國，將近百年都不受任何大名統治，直至織田信長登場。

前面說過應仁之亂的影響波及全國，因此各地守護也分為東軍、西軍打得鬼哭神號。北陸加賀（石川縣南部）、越前（福井縣北部）當然也分為東西兩軍不停打來打去。蓮如移居吉崎時，北陸地區是東軍佔優勢。這時加賀國有兩https://m.hetubook.com.com位守護，北加賀守護是赤松政則（一四五五～九六，是一流文化人也是一流日本刀刀匠），南加賀守護是富樫政親（一四五五～八八）。富樫政親因與弟弟相爭守護繼承權，敗給了參與西軍的弟弟而被逐出加賀。當時富樫的弟弟幸千代才十多歲，按理說不會篡位，總之戰國時代的「下剋上」，很多例子都是家臣為了私人權益而挾天子以令諸侯。

蓮如的傳教根據地是京都右鄰的近江（以琵琶湖著名的滋賀縣），而近江原本是位於京都府與滋賀縣境界的比叡山延曆寺的地盤。就組織構造來說，本願寺是延曆寺的分寺；以企業組織來比喻，就是小職員的名氣比老總旺。身為老總的延曆寺當然很不爽，認為蓮如這個小職員想造反離職另立公司。

富樫的主戰場是京都，聽聞蓮如在吉崎的風聲後，馬上整兵歸國。富樫自京都返國後，為了自弟弟手中奪回守護地位，向蓮如本願寺教團求援，條件是「絕不誅伐淨土真宗信徒」。由於新守護和同為淨土真宗支派的高田門徒聯手鎮壓本願寺門徒，蓮如才答應同富樫聯手。一四七四年七月開戰，戰役情況不詳，但據說本願寺門徒犧牲者多達二千名。同年十月，富樫終於奪回加賀守護地位。然而，重新登上守護地位的富樫發現本願寺門徒是無政府主義教團，富樫等於是偷雞不著和-圖-書蝕把米，完全收不到年貢，於是馬上翻臉不認人，跟蓮如斷交，並於翌年三月和本願寺門徒交戰。門徒軍敗北逃到越中（富山縣）井波瑞泉寺。

樹高招風的蓮如二度遭延曆寺欺壓，只得在近畿（京都四周各國）輾轉流浪，一四六九年才回近江。這時期，京都眾多文人、知識分子、宗教人物均因應仁之亂紛紛逃往外地，蓮如也決定另選新天地繼續傳教。他選中的地方是越前（福井縣北部）吉崎。

蓮如在北潟湖吉崎山建立了「吉崎御坊」，積極傳教。由於沒有繁瑣的宗教儀式和戒律，吸引了眾多老百姓，北陸（富山、石川、福井、新潟四縣）一帶信徒驟增，香客全匯聚在吉崎。如此一來，對當地現有的佛教勢力來說，本願寺信徒便成為一種威脅；但對本地土豪來說，這些信徒的團結力足以成為政治工具。

這些敗北門徒遣使者前往吉崎，懇請蓮如出面與富樫和談，應對使者的人是蓮如的親信蓮崇。蓮如本來就反對門徒與守護抗爭，所以同意和談，但蓮崇是主戰派，他不但沒傳達蓮如的意見，反而向使者說謊：「上人堅持交戰。」

加賀門徒眼見瑞泉寺馬到成功，也決心重振旗鼓，目標是打倒守護富樫氏。一四八八年五月，加賀規模最大的一揆爆發，富樫軍只有一萬，一揆軍據說有十萬、二十萬，以人海戰術包圍高尾城（金澤市）。一個月後m•ｈｅtuｂｏok.com.com，高尾城被攻下，富樫也自刎而亡。

一四六五年一月，延曆寺派出一百五十名（也有三百名之說）僧兵襲擊本願寺，蓮如好不容易逃到近江金森。兩個月後，延曆寺再度攻擊金森，致使蓮如的信徒不得不拿起武器應戰，這正是日本史上首次的「一向一揆」。

「一揆」本義為團結一致、同心協力、志同道合，後泛指武裝起義的武士與老百姓集團及其行為，目的在於冀求統治者減輕租稅年貢，或威脅高利貸業者、地主取消借貸。「一向一揆」是本願寺信徒發起的武裝起義行為，而本願寺是淨土真宗流派之一。淨土宗創始人是法然（一一三三～一二一二），但當時淨土宗有四支流派，法然的弟子親鸞（一一七三～一二六三）遂另創淨土真宗，加個「真」字表示「真正」繼承了法然的教理精髓。

附帶一提，關東地區的北条早雲於一四九五年秋季攻下小田原城，躍身為日本史上第一位戰國大名。此時的北条早雲已六十有三，而武田信玄、上杉謙信、織田信長、豐臣秀吉、德川家康等新興戰國大名都還未墜地。

另一方，蓮如離開吉崎後，一四七八年在京都近郊山科興建寺院，兩年半後御影堂竣工。八年後，加賀一揆爆發，蓮如發出「斥責御文」，禁止本願寺門徒參與這場戰爭。翌年，蓮如將宗主位子傳給五男實如，隱居山科本願寺南殿。一四九七年，石山御坊（大坂本願寺）竣工。一四九九年，蓮如圓寂，享壽八十五。