一九五八年，臥龍生開始書寫他第三部作品《飛燕驚龍》。這本書發表後，使臥龍生成為台灣重要的武俠小說作家。

故事剛開始，就以崑崙派一陽子被開除的門徒蔡邦雄身懷「藏真圖」，被天南雙煞追殺這件事，描述出武林九大門派排名之爭、武學奇書《歸元秘笈》的由來。各門派為求「天下第一」的威名，莫不處心積慮，圖謀這歸元秘笈。一陽子既得藏真圖，立刻就按圖前往括蒼山尋找歸元秘笈，並命令徒兒楊夢寰、沈霞琳回鄉躲避災禍。但是這時各大派高手、江湖草莽，以及新崛起的天龍幫紛紛聽到消息趕到，將楊夢寰拖入爭奪秘笈的漩渦中。而天龍幫主李滄瀾之女李瑤紅、括蒼山中的神秘女子朱若蘭，先後對夢寰一見鍾情，加上師妹沈霞琳，更讓楊夢寰暈頭轉向。

一陽子在括蒼山順利找到歸元秘笈，眾人隨即群起爭奪，不但秘笈得而復失，師妹慧真子還因此身中劇毒。到後來群雄發現那秘笈並非真本，白忙一場，反而造成了九大門派與天龍幫之間的爭端。

一陽子為解慧真子之毒，前往祁連山大覺寺求靈藥「雪參果」，被大覺寺囚禁；沈霞琳給仇家綁架走以後，也輾轉落入大覺寺惡僧手上。朱若蘭因楊夢寰的緣故，一次又一次的相助崑崙派諸人解毒脫困，終於被大覺寺惡僧打傷，由楊夢寰護送回括蒼山療養。

楊夢寰在前往祈連山搭救途中，認識了李滄瀾的徒兒陶玉。陶玉與沈霞琳相見，情難自已，見她癡戀楊夢寰，由妒生恨，正好自己另有奇遇，武功大進，決意下手除掉夢寰。那時楊夢寰已經半年沒有回崑崙山。原來他辭別朱若蘭後，路上又因相救李瑤紅，與峨嵋派起了衝突。李瑤紅率天龍幫中高人前來援手，但夢寰已身受重傷，陶玉乘機暗下毒手，傷上加傷，連朱若蘭也不知道該如何救他。

朱若蘭為救夢寰性命，捲入天龍幫與各大派高手爭奪萬年火龜的風波。辛苦捉得萬年火龜，竟被師父趙海萍奪去，只得趕回括蒼山向師父求情，在偶然的情形下明白自己身世與歸元秘笈下落。那歸元秘笈的真本早就被趙海萍得到了，現在在他的女兒趙小蝶手中。當時趙小蝶為了身世問題，已尋上括蒼山，因通曉歸元秘笈全文，治癒夢寰傷勢。群雄得知她身懷秘笈，重返括蒼山，再掀奪書之戰。陶玉加害楊夢寰不成，反令師妹李瑤紅失身斷臂，自己也隨歸元秘笈墮下懸崖，不知所終。天龍幫與各大派屢次衝突結怨，於是藉機訂下比劍的約定。

朱若蘭雖然深愛楊夢寰，不願再陷身複雜的情網裡，與趙小蝶合力協助夢寰修習歸元秘笈上的武功，揚威英雄大會，遏止天龍幫與九大門派的紛爭，並促成他和沈霞琳、李瑤紅三人姻緣，終以一首樂曲送別，只剩下感傷想念的感情。

本書情節之曲折多變、感情之冤孽糾纏，固然各見作者功力，最精採的還是在描寫眾人爭奪《歸元秘笈》時的種種爾虞我詐、明爭暗鬥，敵友之分隨情勢瞬息萬變。而得寶後的兩難情境，如崑崙派一陽子為救師妹性命，甘願放棄到手的秘笈；天龍幫主李滄瀾在秘笈與愛女性命之間的猶豫掙扎，在在突顯出人心的各色面貌。

臥龍生於《飛燕驚龍》中首先提出「武林九大門派」名稱，並大力渲染「武林秘笈起風波」、「爭霸江湖大會戰」等情節，影響深遠，此後一再為其他作家沿用，已成武俠小說中的常見模式。難怪《飛燕驚龍》是當時最暢銷的武俠小說。