目的地不詳的神祕列車，熱鬧地載滿四百人從東京出發；過了一夜卻消失了蹤影，難道果真印驗「神祕」的命運，自此從人間蒸發？

日本國鐵時代為了挽救每下愈況的營業赤字，推出許多受歡迎的特別企劃列車活動。這次由大阪鐵道管理局負責企劃推出的「目的地不詳的神祕列車」，徵求四百名乘客卻湧進了二十倍的報名者。空前轟動的盛況，讓所有幸運參加者興奮莫名，因為三天行程不知開往何處的神祕列車，充滿著令人期待的旅遊魅力。

午夜時分，配掛上了「？」車頭標誌的藍色臥舖特快神祕號，載滿來參加的所有情侶檔、全家福、男女老少，開離了東京車站，目的地不明的神祕列車要開往何方呢？過了一夜，雜誌社卻等不到上了車的記者電話，詢問了車站，列車到抵第一站京都後，旅客確實參加了梅小路機房區的參觀行程，但接下來卻得不到其他訊息，難道神祕列車就此消失？

特別列車行駛在日本最繁榮的東海道本線，行經人口最密集的東京到關西，軌道沒有意外事件的回報，一切狀況正常，列車除了人間蒸發，似乎沒有其他的答案。這一列車、四百名乘客，到底在哪裡？歹徒終於來電要求一筆十億日圓的贖金，這是國鐵員工的犯罪？還是什麼魔術高手將一整列長距離臥舖列車變不見的案件？犯人究竟是怎麼樣讓神秘列車消失，並且把四百名乘客與六名工作人員帶走的呢？人命關天，國鐵局、警察部門、十津川警部如何推敲與歹徒間的鬥智競爭，一場與時間賽跑的激烈競局。